该系列主要介绍了 MUMmer 软件下核苷酸序列比对程序 nucmer 的使用，计算操作见前两篇推文；
这一块主要解释一下比对的结果文件 <prefix>.delta 如何解读；
delta file 表示 NUCmer pipeline 下所有 alignment 的编码表示，该软件还设计了一系列程序，通过以 <prefix>.delta 文件作为输入，从而输出一些可读的结果。
delta file 主要包含每个 alignment 的坐标，并强调这些 alignments 中包含的 insertions 或 deletions 之间的距离；
以下图为示例，简单解释一下每一行的内容：
第一行：展示了 query 和 reference 基因组文件的位置，这里我隐去了；
第二行：指定了 alignment 数据类型，即 "NUCMER" 或 "PROMER"；
第三行：4 个词分别代表 ref 的 fastaID，qry 的 fastaID，ref 序列长度，qry 序列长度；
第四行：第一组 alignment 结果，指定两个对齐序列，后续每一组对齐都有这么一个 header，并描述对齐的坐标和一些错误信息；如果起始坐标大于结束坐标，则表明对齐是在反链上；前 4 个值分别表示 reference 中的起点和终点，以及 query 中的起点和终点；后 3 个值分别表示错误数（non-identities + indels），相似错误（non-positive match scores），终止密码子（NUCMER为0）；
第五行始：每一个数字表示一个插入或确实，正值 query 相较于 reference 存在缺失，负值表示插入，0 表示该组 alignment 结束；数字坐标叠加表示，比如：上图中 query 第一个缺失的位置为 32，第二个缺失的位置为 32+27，第三个缺失的位置为 32+27+1，以此类推；
但是，在实际应用在，该结果需要进一步处理才能生成更加可读的结果，下一篇就介绍一下 delta-filter、mapview、mummerplot、show-aligns、show-coords、show-snps 等操作。
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