棋魂主要讲的是一个学生从6岁开始，在他爷爷的阁楼里，看到了一个古老的棋盘，这个上面有一滴眼泪，然后灵光一现他眼前突然一片黑暗，短暂的失明之后，突然进入了一片白光之中，眼前出现了一个穿着古代衣服的南北朝时期的文人。
这个小孩是时光，这个穿古人衣服的是褚嬴，是南梁时期，梁武帝的一个座上客。他是从三岁开始学习围棋，一直到他27岁结束生命为止，他的生活中唯一的兴趣唯一的事情就是下棋。伴君左右，他从不阿谀奉承，谄媚逢迎。也不会因为对面的是皇帝，而让他的子输得毫不在意。他向来拿出自己的真实实力全神贯注的对应，可惜当权者很多都是着眼于眼前，更喜欢别人俯首称臣。
所以他存活在世的时候被一局棋坑了，然后他太委屈就去自杀了，结果因为超行星爆发而在时光的洪流中穿梭来回，直至遇到白子虬，也称小白龙。
褚嬴希望靠他能在围棋界找出神之一手，结果在最终关键时刻小白龙去世了，留下了终身的遗憾，而他也因为新一轮的格泽曜日而消失。
直到出现在时光的眼前，他的毕生心愿还是寻找神之一手。而时光当时只是一个6岁的小屁孩，什么都不懂，连围棋怎么拿的也不知道，然后他循循善诱，让时光去尝试着接受这个由古至今一直深受众人喜爱的一项运动。
此时时光带着他去找围棋馆，找到了黑白道场，这个围棋馆是世界冠军俞晓炀开的，他的儿子余亮天天坐镇围棋馆内学习。
时光大摇大摆走进去，他看到边上都是一些成年人或者老人，所以他对俞亮非常的感兴趣，坐下去之后两人对了一局，结果因为时光什么都不懂，全是褚嬴在帮他下，然后呢这局棋毫无疑问一个千年的古人把可以称为神童的俞亮给赢了，俞亮有点崩溃，然后一直以时光为偶像，甚至为此去韩国6年潜心学习围棋。
而在此时，俞亮的父亲俞晓炀多次在电视中出现。褚嬴非常想和他对一局，但是当俞晓炀给了时光这个机会的时候，时光的一句你是否能帮我找到神之一手，让俞晓炀觉得他在讲天方夜谭，因此那局不疾而终，也成为褚嬴之后的懊悔之事。
时光觉得为围棋而奉献终身，这种思想非常的难以理解，而且小孩子玩心太重，所以当时他褚嬴气走了。
6年之后，有一次他的好朋友吴迪被象棋社社长给欺负了。象棋社想霸占他们围棋社的地盘，这时候时光为兄弟两肋插刀，结果象棋社社长想到，时光小时候还拿了围棋的冠军，然后他非常不服气，想要跟他下一盘。虽然时光各种怂包不想去，结果还是诱不过兄弟的各种意气风发，然后跑去下了一盘，结果毫无悬念地输得一败涂地，当时的赌注就是跳河。
时光跳河之后因祸得福，发现褚嬴再次出现，之后的自己下定决心去学围棋，褚嬴也因此一直陪伴左右。
然后时光和吴迪一起成立了围棋社，同时还有他从小到大的好朋友江雪明。在想围棋社名称的时候，因为时光知道褚嬴一直都在，所以取名叫四剑客围棋社。
转眼间又到了一年一度的高中生围棋比赛，他们跑去帮吴迪圆梦，然后他们找到了象棋社社长，何佳佳。
于是何佳佳吴迪时光三人一组代表十三中去参加围棋比赛，结果三人实力不错，拿了冠军，可是在登上领奖台的时候，被人爆出时光还是个初中生，于是灰溜溜的下台。
他们比赛期间俞亮也正好回国，无意中闯入比赛场地，于是也看到了时光的下棋方式，可是他难以相信在很小的时候就赢过他的时光，下棋水平会那么臭，他觉得时光是在隐藏实力，然后非常兴奋的跑去要找时光对一局。
结果时光死活不跟他对局。他们再一次出现在了校园围棋赛场的时候，队员换成了谷雨。谷雨是一个黑切白的少年，表面坏坏的，也确实从小就有一点学坏了，在棋牌室里边用坏心思赢钱，结果被一个老爷子狠狠教训了。虽然过程让老爷子很过瘾，也达到了教训这臭小子的目的。不过因为时光一直在跟着，所以时光去跟那个老爷子下了一局，这一局由褚嬴对阵。老爷子自然是扛不过的，但是像老爷子那种人呢，总有一种长江后浪推前浪，我还乐呵呵的心态。所以两人握手言和，而谷雨也由此由黑变白加入围棋社。
时光成功的将谷雨拉入他们小团队之后呢，三人开开心心去比赛，也顺利的拿到了冠军。可是在此期间，俞亮和时光对上一局的时候发现，时光的实力确实跟个幼稚的孩童似的，让他感觉自己这么多年追求的就是一个梦幻。
时光也因为俞亮的态度而觉得非常内伤，由此鼓励大家一起去夏令营学习。在夏令营期间他们也到了忘忧山，那是褚嬴和小白龙闭关修炼的地方，他们在那边还种了一棵老银杏，银杏下面的有有一个石桌石椅，刻着19×19的围棋盘。褚嬴在在思虑往事的时候，时光在找下山的路，结果就迷路了。
最后还找着了俞亮去接他，俞亮当时正准备去音乐会，然后衣服都没换穿着皮鞋就爬山去找他。同时还有放不下他的江雪明，跟着来的谷雨，以及带队老师沈一郎和他的好朋友白潇潇。所以6个人在路上相遇等车的时候，无奈在那边各自讲糗事。这一幕还是让人非常欢快的。
和沈一朗成为好朋友之后，时光了解到奕江湖道场，那里都是职业棋手诞生的地方。
于是他鼓足了勇气的去考，当然凭他的实力希望很渺茫的，不过他还是努力去试了，结果因为他一人对阵三局，失败得没有那么彻底的一副局面让老师那边非常的感动，所以把他收入学习。板老师慈祥和蔼，大老师严厉又凶，在学校的时光让他再一次的认识到了很多的好朋友，包括他的舍友红河，包括之前的带队生活老师沈一朗，白潇潇等等，都是他生命中非常宝贵的朋友。
他们一起努力一起做死活题，一起打谱度过的那些时光虽然都是小打小闹的一些事情，可是几个学生模样的他们演出来还是生活气息满满的。
大家学习的终极目标都是为了能当上职业棋手，所以定段对他们来说就非常重要，而他们在幼狮赛中遇到的各个奇葩让他们也分别了解到自己的缺点，比如说时光的缺点就是容易被外界所干扰。他在幼狮赛中对阵的一个人，各种方式去打断他的思绪，比如迟到啦，说身上被砍一刀啦，或者奇形怪状的打扮了，或者说一些话去干扰他了，等等这些干扰因素都会让他发挥失常，甚至有一些失控。
而沈一郎就是一个重情重义的人，他实力强劲，但是心思也很容易被打散，比如说他和白潇潇关系僵硬的时候，他有些瞻前顾后，跟白潇潇在一起的时候呢，他就觉得心态平稳，而跟白潇潇分手之后，他又觉得自己也有一些力不从心，所以比赛中他没法做到心如止水。
最后是红河他们的好伙伴，那么一个国宝级的朋友，他呢就是下棋特别快，一直崇拜的是天下武功唯快不破，所以他下棋路数很野速度太快，而往往下棋是需要深思熟虑的，他这么快就把棋子落下，很容易出现想要悔棋的现象，但是落棋不悔，所以很容易出现问题。
幼狮赛中暴露的问题，让三兄弟纷纷想要抓狂到秃头，但是出现问题就得去解决，所以他们找遍方圆市想要打败所有的围棋高手，结果呢，方圆市是难以棋逢对手了。但是有个围棋厂家的师傅带着他们去到兰因寺，而且对症下药地找到了一些老和尚小和尚给他们去上上课。所以他们在这边的一个月之行成为突破自我的一段旅程。虽然寺庙不养闲人，他们也在那边干活，可是更多的收获能使他们在此期间收获一个全新的自我，他们能够调整好自己的心态，而且作为和尚都非常的有手段所为，高人在山中不求名与利，他们是真正。他们是真正能够看破这群孩子们弱点前能够对症下药给出指导的一些和尚，也是他们真正的老师。在此之后，三兄弟又信心满满的跑去下了定段赛，其间也是波折很多，最后结果呢是时光，第1年学习，第1次定段就成功了，红河也是顺顺利利的定上了，而沈一郎因为和白潇潇分手的事情，而且因为跟时光争名额的事情，所以心绪大乱。虽然最后他和时光都赢了比赛，但是因为时光的比分更高一些，在两者之中取其一，他只能是被淘汰的那个，所以即使非常的不甘心，可是他也只能认命，于是他回去修自行车。
但是他的大老师多疼他呀，就算是在病床上也很难以接受，所以大老师立马拔了手上的输液针头跑去给他谋出路。大老师是一个从来不为5斗米折腰的人呢，为了沈一朗，他带着班老师跟他打赌送的两瓶好酒，去了岳智家。
他的爷爷是学校的最大投资人，他拜托岳智的爷爷。于是沈一郎有了去日本学习的机会。
沈一郎回国之后再次定段成功，这也是他最后一年搏得最大一局了，大家都是普天同庆，而时光因为定段成功，虽然在签约的时候多有波折，但最后也跟了许厚师兄所在的棋社。
而红河因为他的爸爸中风了，而爸爸是开窑厂的，实在不愿儿子去下围棋，所以为了父亲他只能忍痛放弃已有的职业棋手身份。
在一次时光和俞亮对阵中，俞亮没有出现。时光一开始还挺生气，结果看到电视里说他的父亲在比赛现场因心脏病突发而晕倒。他的关注点就变成了担心。他跑去看望俞老师，在此之后他还跟俞老师约了一局。这是为褚嬴约的高手对决，是寻找神之一手的对决，这场赛事虽然是网络赛事，但也是所有围棋爱好者，围棋界领域，学员老师们关注的一场赛事，这场赛事中双方都超常发挥，最后褚嬴险胜。
虽然没有找出神之一手，但是也算酣畅淋漓，褚嬴在此期间非常的高兴。可是刚出网吧门，时光就想到了真正的神之一手。褚嬴才真正了解到神之一手，不是他的对手，而是时光，这个从小他看到大的孩子。
他释怀了，他抱着围棋在时光的洪流中漂泊近千年，终于找到了这么一个能拥有神之一手的孩子，这个孩子是天分和努力造就的。对此褚嬴有真心的祝福，也是真正的高兴能够跟他一起经历这么一段时光。
时光在网上为褚嬴取了个网名，而且为其打败了所有的网上无敌手。在此期间鼓励吴迪去做他自己想做的事，朋友永远是朋友，会永远站在他身后。同时他也鼓励红河要向前看，时光会把你雕刻成你想要的样子。
他有调皮捣蛋的一面，也有深思熟虑为朋友两肋插刀的一面，在此剧中时光是一个非常真实的人物，他能够把所思所想放在脸上，也能够听得进建议，只要你说的是对的。他也有一群很好的伙伴，无论是他调皮捣蛋的时候还是在他认真努力亦或是他懈怠的时候，伙伴都在陪着他。老子好羡慕啊。～
之后褚嬴因为格泽曜日新一轮的到来，而不得不和时光告别，告别之后时光消沉了一段时候，可是因为朋友们都劝他，同学们也很不舍，所有的事情都让他觉得只有重新拾起围棋，才可以真正的放下。他可以有自己的风格，也没有哪个人会一直陪着她。
尤其是俞亮给他的鼓励，小时候他把手表给俞亮，长大了他又用手表来安慰他。
之后他们一起去参加选拔赛，去参加国青杯，去代表中国和韩国对奕。又因为韩国主办方临时变更比赛规则，所以他们需要成为最好的搭档，能够知道对方的所思所想，能够了解对方的所有习惯，一个眼神一个动作都要做到无与伦比的默契，所以他们到处去找老师，他们找了俞亮的师兄方绪，又带来了他的师兄。说他们在一起7年了，结果两位师兄挺没默契的吵起来了。。他们又去找了学校里的大老师和班老师，这两位老师棋力不如他们，但是他们的合作体现了信任的力量。。再之后就是围棋界的大能桑原老师和赵老师联手的比赛，虽然两位大能适当的让了几步给他们，但是在最后的时候也是拼尽了全力，看到对面老师们皱着眉头，俩小朋友可开心。
之后他们俩靠着共同的实力和对对方的信任，一起参与了国青杯，虽说最后的结局没有播出，但是留给了观众想象空间，当然这个结局相信没有人会怀疑是一个悲伤的结局。
整部剧是时光为主线，以不接触围棋，不喜欢围棋，再次接纳围棋，创办围棋社，进行围棋夏令营活动，进入奕江湖道场，去兰因寺学习以及定段之后的签约，之后褚嬴消失后的消沉，以及最后两兄弟联手打怪的情节。
整部剧让人感觉cp感满满。所以协调的关系，就应该是一个唱红脸，一个唱白脸。一个调皮一个沉稳。这也是所有小说的套路。
