6、
皇帝下诏，征发南匈奴兵，协助刘虞，讨伐张纯。单于羌渠派左贤王率领骑兵到幽州报到。匈奴人担心征兵无休无止，于是右部醯（xi）落部落造反，与匈奴屠各部落联合，共十余万人，攻杀羌渠。国人立其子、右贤王於扶罗为持至尸逐侯单于。（於扶罗，就是五胡乱华十六国时代前赵帝国刘渊的祖先。）
7、
夏，四月，罢免太尉曹嵩。
8、
益州贼马相、赵祗等在绵竹起兵，自称黄巾，杀死刺史郤俭，进击巴郡、犍为，不到一个月，破坏三郡，有部众数万，自称天子。益州从事贾龙率吏民进攻马相等，数日之内，将他他们击破逃走，州界清净，贾龙于是选拔吏卒，迎接新任州牧刘焉。
刘焉将州府迁到绵竹，抚纳离叛，务行宽惠，以收人心。
10、
七个郡国发大水。
11、
故太尉陈蕃之子陈逸与术士襄楷在冀州刺史王芬处见面，襄楷说：“天象不利于宦官，黄门、常侍等将要被灭族。”陈逸闻言甚喜。王芬说：“如果是这样，我愿意去驱除他们！”于是与豪杰转相招集联合，上书皇帝，说黑山贼攻劫郡县，想要以此为借口起兵。正赶上皇帝要巡行河间老家旧宅，王芬等人想以兵劫持皇上，诛杀诸常侍、黄门宦官，然后废黜皇帝，立合肥侯为帝。
王芬将他们的密谋告诉议郎曹操，曹操说：“废立皇帝，为天下最为不详之事，古人有权衡成败，计量轻重之后而行之的，比如伊尹、霍光，都是怀着至忠之诚，据有宰辅之势，手握大权，又顺应众人的愿望，所以大家能听从他们，而完成废立大计。如今你们只看到当年的容易，没有看见今天的困难，而行此非常之事，指望能成功，这不是太危险了吗？”王芬又去找平原人华歆、陶丘洪一起定计，陶丘洪想要参加，华歆阻止他说：“废立大事，就是伊尹、霍光也没有把握。王芬性格疏阔，又不够果断，这事一定干不成。”陶丘洪于是停止。
正赶上北方天空夜半时分有赤气出现，从东到西，横贯整个夜空，太史上言：“北方有阴谋，不宜北行。”皇帝于是取消了到河间的计划，并且下诏让王芬撤销之前集结的军队，接着又征召他入朝。王芬恐惧，解下印绶，弃官逃走，走到平原县，自杀。
12、
秋，七月，任命射声校尉马日磾（di）为太尉。马日磾，是马融的族孙。
13、
秋，八月，开始设置西园八校尉，任命小黄门蹇硕为上军校尉，虎贲中郎将袁绍为中军校尉，屯骑校尉鲍鸿为下军校尉，议郎曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，谏议大夫夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉，都归蹇硕统领。皇帝自从黄巾起事之后，留心军事，蹇硕壮健有武略，皇帝亲自任命他，就是大将军也归他统辖。
14、
九月，罢免司徒许相，任命司空丁宫为司徒，光禄勋、南阳人刘弘为司空。
15、
任命卫尉、条侯董重为车骑将军。董重，是永乐太后（皇帝的生母董太后）哥哥的儿子。
16、
冬，十月，青州、徐州黄巾军再次兴起，寇掠郡县。
17、
望气的术士认为京师将受到大军攻击，两宫流血。皇帝想用法术化解，于是大发四方军队，在平乐观讲武阅兵，筑起大坛，上面建十二重华盖，盖高十丈。在坛东北又筑有小坛，上面建九重华盖，高九丈。列步骑兵数万人，结营为阵。
十月十六日，皇帝亲自阅兵，立于大华盖下，大将军何进立于小华盖下。皇帝全身披挂，自称“无上将军”，马也披甲，皇帝骑上战马阅兵，绕营三遍而还，将兵权授给何进。
皇帝问讨虏校尉盖勋：“我讲武如此，怎么样？”盖勋说：“臣听说先王只讲德，不讲武。如今寇贼在远方，而陛下在京师阅兵，不足以昭示陛下的果敢坚毅，只是显示黩武好战而已。”皇帝说：“说得好！只恨认识您时间太晚！群臣中还没人跟我说过这样的话。”盖勋对袁绍说：“皇帝很聪明，只是被左右蒙蔽。”于是和袁绍密谋诛杀宦官。蹇硕恐惧，将盖勋外放为京兆尹。
18、
十一月，王国包围陈仓。皇帝下诏，再次拜皇甫嵩为左将军，督促前将军董卓，合兵四万人征讨。
19、
张纯与丘力居寇掠青州、徐州、幽州、冀州四个州。皇帝下诏，命骑都尉公孙瓒征讨。公孙瓒在辽东属国（移民区）石门与之会战，张纯大败，抛弃妻子儿女，向塞外逃走。叛军所掳掠的男女俘虏，全部获得解救。公孙瓒深入追击，却没有后继部队和交通线，反而被丘力居等在辽西管子城包围，坚守二百余日，粮食吃尽，军队崩溃，士卒死者十分之五六。
20、
董卓对皇甫嵩说：“陈仓危急，请速救援。”皇甫嵩说：“不对。百战百胜，不如不战而屈人之兵。陈仓虽小，城守坚固完备，不易攻下。王国兵力虽强，他攻不下陈仓，士卒一定疲敝，等他疲敝，我们再攻击，可获全胜。现在不需要去救援。”王国攻陈仓八十余日，不能攻下。
六年（公元189年）
1、
春，二月，王国部众疲敝，解围而去，皇甫嵩进兵追击。董卓说：“不可，兵法，穷寇勿迫，归众勿追。”皇甫嵩说：“不对。之前我们不打他，是避开他的锐气。如今追击，正是乘其衰而击之。我们所攻击的，是疲惫之师，不是归心似箭之众。王国部队正在撤退，没有斗志，我们是以整击乱，他们也不是什么穷寇。”于是皇甫嵩单独进兵追击，命董卓为后卫。皇甫嵩连战连捷，大破敌军，斩首一万余级。董卓大为羞惭怀恨，从此跟皇甫嵩结下仇恨。
韩遂等共同废黜王国，劫持前任信都县令、汉阳人阎忠为首领。阎忠接着又病死，韩遂等争权夺利，相互杀害，势力于是衰退。
华杉曰：
这段议论，显示董卓兵法读得有问题，“穷寇勿迫”，是《孙子兵法》原话。“归众勿追”，兵法没这句话，《孙子兵法》有“击其惰归”，他想回去，必须猛追，归众必追！
穷寇勿迫，不是穷寇莫追，方向不同。迫，是挡在他前面；追，是跟在他后面。敌军穷极逃亡，你跟在后面追杀，他们人人只想快逃，越快越好，越远越好，所以没有斗志，没人停下来跟你战斗，你一路砍后脑勺就是。如果是“迫”呢，你拦住他求生的退路，他人人都要跟你拼命，这样你就占不到便宜，反而有胜败反转的危险。
所以“围师必阙”，即便是打包围战，我们包围了敌人，也一定要留一个缺口给他逃跑，等他跑，再跟在后面追杀。如果把他全部围死，不要跑掉一个，他就视死如归，置之死地而后生，即便最后你把他们全部杀光了，恐怕自己兵员损失比他还大。
皇甫嵩说得非常对，之前是避其锐气，之后是击其惰归，兵法教科书式的打法。而董卓读书不精，一知半解，理解和判断全是错的。
宜将剩勇追穷寇，不可误判学董卓。
