Pacbio测序(一)

Pabio主要发布三个测序仪,RSII实体比较大,Sequel平台在节约了大量的光学检测部件的空间以后,原来外置的数据处理器Blade Center与主机合二为一,内置于下部空间,成为一个整体,其体积减小至只有原来的1/3。相对于Illumina Hiseq的体积也小11%。重量也从过去的一吨多到现在的不足400kg。
相比之下,Illumina或者Ion Torrent测的都是一簇分子。Sequel平台利用单分子实时测序技术,又称作SMRT(Single Molecule Real-Time)测序,其实是基于ZMW孔(零模波导孔,Zero-Mode Waveguides)的单分子读取技术,sequel无需扩增,可以可快速完成序列读取。


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pacbio sequel II升级后单个芯片数据通量是原来的8倍


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Pacbio文库构建的模板是哑铃形状,哑铃形状的文库有一个好处,它整个分子实际上是一个圆环。在测序的过程中它可以周而复始地进行测序,这不仅有利于发挥PacBio的长读长的优势,同时有利于多个pass矫正随机错误率。


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pacbio建库流程如下:


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pacbio测序原理
测序的核心部件:ZMW孔:即零模波导孔(Zero-Mode Waveguides),合成反应在ZMW中进行,sequel每个SMRT Cell上约有100万个ZMW(Sequel II 800万)。
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DNA链铆钉在即零模波导孔底部,和模板互补的dNTP被聚合酶抓住,短暂的结合,被激光照射,发出荧光,荧光转化为碱基信号;链继续延伸,结合的dNTP的荧光基团脱落,完成了一个小循环,反应反复进行。

pacbio测序的应用范围:
(1)全基因组de novo测序
(2)全长转录本测序
(3)宏基因组测序
(4)结构变异检测
(5)表观遗传学
(6)目标区域测序

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