推荐看国家疾控的文章“新型冠状病毒基因组序列的网络平台与基因分型-宋洋”，写的非常详细，目前有四种分型方法：“ 中国分型法”、“Pangolin 分型法”、“GISAID 分型法”和“Nextstrain 分型法”。
中国分型法：
主要用L与S基因型与进一步的家系（lineage）划分，分型方法很简单直观，在国内各大新闻中都会看到这种写法。
Pangolin 分型法（https://cov-lineages.org/pangolin.html）：
“Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages（以系统发育归类命名全球暴发分支）”。研究基于GISAID 数据库中
当时27 767 个SARS⁃CoV⁃2 基因组序列的系统发育提出了一个合理和动态的命名，即使用一个系统发育框架来识别当下活跃的病毒分支。
以A，B为主分支，最近比较火的，英国发现的变异病毒“B1.1.7”，就是基于这种分型方法。
可以在线分析数据（https://pangolin.cog-uk.io/），把fasta文件拖拽上去即可。
Nextstrain分型法
Nextstrain 团队同样开发了一种型别划分的方法，他们建议按病毒估计出现的年份顺序和字母顺序命名主要的簇，例如主簇19A、19B、20A。这样命名可以每年更新，并减少字母的使用带来命名的混乱。
Nextclade
推荐一个画ncov系统发生树的工具，Nextclade（https://clades.nextstrain.org/），分析速度很快，结果也很准确。
Nextclade can not do such phylogenetic analysis in the browser. Instead, we perform clade assignment sequence-by-sequence on the basis of signature mutations. This is expected to be slightly less sensitive, but will still give the correct answer in most cases.
画出来的图很大，不好辨认，只要点击对应的进化枝，就能放大图片，就能看清楚了。
