Homology译为同源性，1843年欧文首次提出了同源的概念，将形态功能多种多样的同种器官称为同源器官。欧文提出的同源性强调了结构和功能，而非达尔文和孟德尔时期强调的“共同祖先”。目前定义为，两个或多个性状、结构相似且具有共同祖先，那么它们同源的。从分子水平讲，如果两个序列具有共同祖先，那么无论相似程度如何，它们也都是同源的。
同源关系有三种，直系同源(Orthology)、旁系同源（Paralogy）和异同源（Xenology）。直系同源是指在物种形成后，序列出现分歧的关系，即两个基因的共同祖先位于获得两个序列的分类单元的祖先。旁系同源是指基因复制后出现序列差异的情况。这类基因可能会遗传或分化当同时存在于同一个系谱中。异同源指相似基因的水平转移，它不包括细胞器和细胞核之间的转移。是唯一一种从一个有机体传给另一个有机体的同源关系。
Analogy译为类似。例如，将血红蛋白α和β的祖先序列的相似性与现代序列的相似性进行比较，如果祖先的序列比现在的序列相似得多，那么这些基因就是同源的。若结果反之，序列是类似的。是任何两个由不相关的祖先进化而来的角色之间的关系。也指由于趋同现象产生相似的性状，它们的起源不同，功能和形态相似。比如鸟的翅膀、昆虫的翅膀都是用来适应飞行的。Analogy是一个收敛的过程。
Homoplasy译为同塑性，它是类似的补充概念。是指两个或多个性状结构或功能相似，但却不具有共同祖先。它描述一个树中两个性状状态的关系，而类似描述的是独立于任何树的两个性状的关系。Homoplasy是平行或逆转的过程。
Homoplasy与Homology的不同：homology的范畴内包括homoplasy（同塑性）以及apomorphies（近裔共性）的概念。若进化过程中出现分歧，那么属于近裔共性的范畴，不能属于同塑性。同塑性比同源性的适用范围更窄。
参考文献: Fitch,2000,Homology a personal view on some of the problems
