引言：机械就是程序，程序就是机械。机械是程序的躯壳，程序是机械的意识形态。正如肉体是人类的躯壳，意识是肉体的意识形态一般。
自从人工智能诞生之日起，人类便开始探讨人类与机械生命的命运关系。问题虽然并无确切答案，却是艺术作品最钟爱的题材之一，诱发了一系列让人惊叹的思考，碰撞出来无数耀眼的思想火花。其中最杰出的代表之一，无疑是《黑客帝国》系列。
由于背景设定展开方式的关系，黑客帝国的故事初看起来有很多看不明白的地方，所以显得比较烧脑。比如，最关键的背景设定在故事的最后才通过工程师与先知的对话被透漏出来。不过，如果从个整个时间线上看（结合过去、现在、未来），就容易理解得多了。黑客帝国中发生的故事只是关于“现在”的故事，而“现在”只不过是那个时空中漫长时间长河中的一个小小片段罢了。说到底，这是一个关于人类和机械如何实现共存的漫长故事。
一过去的故事
一切要从最初说起。起初，是一个关于《终结者》故事。人和机器（天网或者机械之神）大战爆发。
如果最终机器战败，那这就是《终结者》的结局。但这是另外一个时间线，这里人类战败，机器统治了整个世界。《黑客帝国》故事的从此开始展开。
大战之后，作为曾经不同戴天的仇人，机器本应该对人类赶尽杀绝，就像《终结者》终章中人类对机器所做的那样。可是核大战之后，地球大气层被尘埃覆盖，机器无法获得能源，加上机器并没有感情的束缚，于是机械之神（天网，以后均称为机械之神）选择将人类——做成生物电池！由此，机器可以利用人类意识活动产生的生物电作为能源。但没有意识活动的人类躯体是不能产生生物电的。因此机械之神决定设计一个容纳人类意识活动的虚拟空间，这个空间就是矩阵(Matrix)！。值得注意的是，程序们（也可称之为机械意识）同样以人类的形态生活在这个世界之中。因此在工程师（机械之神）看来，人类与机器其实形成了一种相互依存的关系，所以他的目的便从最初的圈养人类发电到，致力于设计一个机械文明（程序）和人类文明（人类意识）能够和谐共存的世界。这便是矩阵(Matrix)诞生的意义！
在这里，机械可以看成是机械文明的躯壳，肉体则是人类文明的躯壳。机械生命的意识就是程序，他们以人类的形态生活在矩阵之中。比如，机械之神的矩阵形态便是工程师，杀毒程序的矩阵形态是史密斯。程序和人类意识均以人类形态生活在矩阵之中。所以说矩阵不仅是人类生存的世界，更是程序们（机械意识）生存的世界。总之，机械就是程序，程序就是机械。机械是程序的躯壳，程序是机械的意识形态。正如肉体是人类的躯壳，意识是人类的思维形态一般。
另外，在这里还需要明确一个身份：机械之神就是工程师。机械之神是现实世界中机器的领袖。它在矩阵世界中的身份便是工程师。
在矩阵的最初版本中，机器对人类还不太了解，因此为人类设计了一个完美的世界。在那里，人类的一切需求都可以得到满足。可是居住在其中的人类意识很快就看出了这个世界的破绽。无法承受“这个世界是虚假的”这一事实的打击，居住在其中的人类都发了疯。人类的思想崩溃了，整个系统也就失去了存在的意义。于是，第一代矩阵很快也就崩溃了。
自此，机械文明（工程师）意识到人类意识具有非理性的一面，这个非理想说白了也就是感性，而感情是不能用代码准确衡量的。为了不让人类意识发现世界的真相，机械文明（工程师）意识到过于完美的世界会引起人类对于现实的怀疑，于是开始设计一个同时充满着痛苦的世界，也开始了向人类学习的道路。可是每一代矩阵中总会有那么几个人类异端存在，他们的怀疑精神会使其发现整个世界的真相，威胁整个系统。于是工程师设计出杀毒程序（史密斯的最初版本）去寻找那些具有反抗意识的人。寻找到这些人之后，工程师并没有杀掉他们，他发现可以利用这些不稳定因素发现并弥补矩阵存在的缺陷。于是，工程师把他们驱逐出矩阵。这些被驱逐出矩阵的人类在地底建立起了最初人类的抵抗城市锡安。他们在先知的指引下，去矩阵中寻找可以拯救人类命运的救世主。而矩阵中那个具有最强烈怀疑精神并看破这个世界真实性的人类则被选中成为那个救世主。他们的先知的指引下，与工程师进行抗争。每一次抗争的成功都是矩阵的一次新的升级。升级完成后工程师便会命令乌贼机器人摧毁锡安，抹灭之前的印记。然后再挑选出一批人去重建锡安，再在先知的指引下继续这个循环。
锡安不知道被摧毁和重建了多少次，这个循环也不知道进行了多少次，。救世主不知道出现了多少次，矩阵系统也不知道被升级了多少次。
在这个过程中，矩阵不断地被完善，程序不断地学习人类意识中非理性的一面，工程师对人类的理解越来越深刻。于是矩阵开始变得越来越真实，越来越难以分辨，程序也越来越像人类，甚至具有了感情。
等到《黑客帝国》第一部故事开始之前的时候，矩阵已经和现实世界相差无几，程序们也具有了思想和感情。比如那个火车站台上将女儿托付给尼奥的印度核电站工程师，已经有了爱情和亲情的表达。这并非是对人类情感的模拟，因为那对程序们来说并无意义，因此唯一的解释是程序们确实有了感情。当然矩阵还是存在着一些缺陷需要改进。在这个背景下，新的救世主——尼奥登场了。
二现在的故事（黑客帝国系列情节）
作为一名普通的黑客，尼奥渐渐觉察到这个是世界的异常，开始怀疑这个世界的真实性。他服下了墨菲斯舰长给予的红色药丸，认识到了现实世界的存在。最终在先知的指引下，击败史密斯，完成了矩阵的系统升级，实现了自己存在的意义。
尼奥死后，锡安被摧毁，一切旧的痕迹又一次被抹去。接下来，工程师便要再次选择人类去重建锡安，以便开启新的升级循环。当然这一切在电影中就没有被讲到了。
“现在”的故事到这里就结束了。可以看出，《黑客帝国》三部曲所讲的故事不过是无数次矩阵升级循环中的一个。作为救世主的尼奥看似英勇无比，其实也是提线木偶，要走了路早就被安排好了。所以整个影片又有一种“宿命论”的味道在里面。先知和设计师其实就是命运的象征，我们均以为是自己在创造自己的历史，殊不知我们各自的路早已经被命运决定好了。尼奥也并没有什么特殊之处，他也只不过是千万个救世主中的一个，只是在自己的时代发挥了应有的作用罢了。从这个角度看，这部电影其实充满着各种哲学和宗教隐喻。
尼奥的故事虽然结束了，矩阵的故事却并没有结束。在遥远的未来，矩阵还将经历一次次的升级。新的救世主也将不断地被选择。
三未来的故事
在遥远的遥远，矩阵将变得无比完美，人类再也无法发现这个世界的虚假。而程序也将与人类别无二致。人类与程序再也无法区分，共同生活在一个名为Matrix的世界中。锡安也被永久摧毁，再也没有存在的意义。
至此，工程师也终于实现了它设计矩阵的目的——人类与机器成为了无法分割的命运共同体。
这便是矩阵的全部故事——一条人类与机器和谐共存的终极道路！
