Conda
conda相当于linux的应用商店,是最方便快捷的软件下载器。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装Miniconda。
source ~/.bashrc
激活。
添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda list
查看conda的软件列表
conda search 软件名称
搜索软件。
conda install fastqc -y
安装软件fastqc。-y is yes.
conda remove fastqc -y
缷载软件。
conda info --envs
查看当前的conda环境。
# conda environments:
# base * /home/bio05/miniconda3 #前面带*的就是默认的。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的,不是要你学python或者用它干什么。)
conda activate rna-seq
激活新的conda环境。
conda deactivate
退出当前环境。