作为长篇小说，全篇分五大部分来写，这五大块之间有联系有照应，环环相扣，形成了统一的整体，最后第五章“在天上祈祷”照应了开头写“回信放在牛奶箱”，形成了故事的回环往复。
一
开头直接写三个小偷行窃逃出来，误进去了一家废弃的杂货铺，三个人躲在了房间里，却意外收到了一封谘商信，经反复核实这是一封来自过去的信——而这间杂货铺可以连接过去，穿越时间——信中自称“月亮兔”的小姐讲述了自己的烦恼：同是奥运会运动员的男朋友患了重病，生命所剩不多，她一方面要进行奥运训练，一方面要陪男朋友，她陷入了两难的选择。出于好奇，这三个小偷站在现在（2012年）的立场回答她的烦恼，让她果断放弃参加奥运会（因为据她的来信推断，她所参加的是1980莫斯科奥运会，由于日本加入抵制行动，没有参加）专心陪男朋友，几次回信劝说，甚至很笃定的让她一心陪男友，她却从中有了自己的解释：这是一种考验，考验她是否真的坚持梦想，想到这一点，她认识到自己面对压力时的逃避，选择了全力参加训练，只有这样才对得起男朋友的爱，她努力追求梦想的样子才是她男朋友最大的幸福。虽然最后无果，却也没有遗憾。
二
第二部分，讲述一个追求音乐梦想的男孩松冈克郎，不顾家里人反对，不愿意继承渔店，坚持追求音乐梦想，由于缺少过人天赋屡屡受挫，在一次孤儿院的演出中为了挽救一个少年丧生火海，死后他的作品《重生》因为这个少年的姐姐的演唱而声名大震。
这个少年写信谘商烦恼是在在父亲日渐病危之际，他不知道该继续追逐音乐梦想还是留下来继承祖传的渔铺照顾家人，杂货店回信劝他不要再梦想当歌手了，他没有过人音乐才华，应该留下来继承渔店照顾家里，不要再游手好闲，妄图用一把吉他闯天下，应该面对现实。面对内心的不安和家里的压力，他妥协了，却遭到父亲强烈指责，认为他只是权宜之计，他对音乐没有彻底死心，让他不要放弃自己选择的路，要做出成绩。再次去东京前他收到杂货店最后一次回信，说他在音乐道路上的努力不会白费，有人会因为他的音乐得到救赎，也预示了一个悲惨的结局。
这则故事，在克郎选择去浪矢杂货店谘商烦恼路上，碰到了第一则故事里那个“月亮兔”小姐，两则故事之间有了联系，且存在一种平行关系，都是收到了来自未来的回信。
三
第三则故事讲了浪矢杂货店的主人雄治和儿子贵之的故事，介绍了杂货店的由来，着重讲了一个未婚妈妈的烦恼，她来谘商要不要生下孩子的事：由于她是不易受孕体质，之前婚姻失败，这次好不容易怀上一个已婚男人的孩子，生下来自己无力抚养，不生恐怕再也没有生孩子的能力，所以写了这封信解忧。后来在一封感谢信里，是在三十三年后谘商窗口复活那一天，由川边绿的女儿寄来的，这封信详细回忆了川边绿那次意外身亡后自己的人生变化，一开始的误会和怨恨到后来的原谅和爱，她感受到了母亲的爱，学会了珍惜生命。
这封信里提到了孤儿院那次火宅，还有那个演唱克郎作品《重生》的女孩小芹，她当上了歌手，而川边绿的女儿作为孤儿院她的好朋友，成了她经纪人。
这封信联结起了第二则故事渔店音乐人克郎。在雄治儿子贵之去杂货店拍照那日，见到了那个奥运女孩“月亮兔”，与第一则故事也产生了联系。
这一整节故事连贯整部作品的前后，是小说的核心部分。
最后一小节特别强调了雄治的遗愿：在自己死后的三十三年后忌日那天，宣布谘商窗口复活一日。他想知道这些接受谘商的人以后的人生到底发生了怎样的变化，他预知到他可以收到这些来自未来的信（在他从医院回到杂货铺那天果真收到了三十三后寄来的信），只要他的后代履行这一约定——事实是贵之的孙子骏吾在那天发布了这条通告。
四
第四则故事以披头士乐队为线索，讲了一个喜欢披头士的少年浩介在家庭欠下巨债，全家打算跑路时失去了对家人的信心，离开了父母，后来去了孤儿院，成为了一名木雕师的故事。
故事开头是在一间披头士主题酒吧里，年近五十的浩介回忆起自己四十年前发生的事，跑路前一晚他去杂货店谘商烦恼，不知道要不要和父母去跑路，最后却并没有听从浪矢爷爷的意见——相信你的父母，一家人呆在一起才能突破难关，只因他对父母已失去了信心，正如他喜欢的披头四最终也解散了，它感受到人心之间联结的脆弱。
在和酒吧妈妈桑聊天中，他得知这间酒吧的老板正是当年他转手披头士唱片的那个同学（他在跑路前一天将自己收藏的所有披头四唱片转卖掉了），妈妈桑是他的妹妹，从她口里得知，当年自己离开后，爸妈选择了自杀，为了保全他，让他可以好好活下去。那一刻他心里很难受，他今天的幸福生活是父母的牺牲得来的。在谘商窗口复活，他写给杂货店的感恩信里，他没有实话实说，为了让天堂的爷爷安心，他说一家人过得很好，正如雄治儿子贵之在那晚收到来自未来的信里看到的：之前那个跑路少年说他选择了跟父母在一起一家人过得很好，其实那个少年就是他。
这一则故事其中有一节交代了孤儿院〈丸光园〉火宅，呼应了第二则故事，同时为第五则故事作了铺垫，同在孤儿院长大的一个叫晴美的女人因为杂货店的帮助改变了自己的命运。
五
第五则故事又回到了开头那三个小偷，巧的是这三个小偷也是在孤儿院长大，他们在回复了奥运女孩和鱼店音乐人克郎的谘商信后，准备商量离开时又收到了一位年轻女孩“迷茫的汪汪”寄来的信。
信里细说了她此前的烦恼，面对生活的压迫，她纠结要不要放弃办公室粉领的工作，一心去做酒女郎的工作，信里讲述了她想报答姨婆的抚养之恩，由于姨婆家经济负担越来越重，她想去做酒店女，梦想开一家自己的酒店。几次通信，对于这个女孩的同情，来自未来的三个小偷按照日本经济未来发展的变化指导她发家致富之道，叫她投资不动产和证券交易，后来她依照这些指导积累了财富成了富人，而这三个小偷正是从她的一套房子里闯空门逃出来逃到了这间杂货铺，又解答了她过去三十年的烦恼并使她创富成功，这是一个时空扭曲的矛盾循环。
这则故事里特别提到了第一则故事里那个奥运女孩〈月亮兔〉，她叫静子，是晴美的邻居，与开头联系起来。还提到了孤儿院〈丸光园〉那场火灾，火灾里失去生命的那个音乐人，以孤儿院为线索，将这些故事串联起来。在晴美回去探望孤儿院时，认识了现在的院长皆月，回忆起了院长的姐姐晓子——孤儿院的创始人，也谈起了姐姐的一生，包括年轻时候那场爱情，和机械工浪矢恋爱由于家里反对，私奔那天晓子没有出现，三年后的一天晓子收到了浪矢寄来的道歉信，希望她不要自责，并为自己的行为道歉。想必是这封信，她爱着这个男人，在他生活的这一带建起了这所孤儿院，并把自己的一生奉献给孤儿教育事业，终生未婚。一边是孤儿院，一边是杂货店，这两者之间有千丝万缕的联系，从孤儿院〈丸光园〉出来的孩子都曾写信到〈浪矢杂货店〉谘商过烦恼，因为浪矢爷爷的解答获得了生活的启发，或许是冥冥之中自有爱，是皆月和浪矢的爱情冥冥之中使孤儿院和杂货店紧紧联系在一起，经历三十年时光未曾失散。
故事的结尾呼应了开头，是三个小偷闯入晴美的家里行窃，拿走了她的手袋，里面有一封信，从这封她写给杂货店的感谢信里得知她叫武藤晴美，就是之前谘商过烦恼的酒店女，他们三个改变了她的命运，反过来在一天前又窃取了她的钱，这或许就是冥冥安排，对他们善意的回报，因为这封信他们意识到自己的错误，决定去自首，选择重新做人。对那封寄到过去的空白信，浪矢雄治答到这是没有地图的意思，意在三个走投无路的人，可以自由决定自己的人生，他们的人生拥有无限可能。收到这封信对他们内心焕发出无限的光芒和自信，从他们三个人发亮的双眼可以看出。
我相信这三个小偷凭借自己的努力一样可以拥有光明的前途。
整部小说构思离奇，以杂货店和孤儿院为基点，六则故事（奥运女孩静子，渔店音乐人克郎，未婚妈妈川边绿，喜欢披头四音乐的浩介，酒店女晴美，三个小偷）穿插环绕，你中有我，我中有你，环环紧扣，铺陈呼应紧密，围绕杂货店这家时光机穿越时空联系在一起，人物设置上，彼此之间关联紧密，形成一个攻不可破人物关系网，最大的悬念是以三十年时空跨越来构思整体，令人深思，进而引发对人生的哲思。
