安装时间：2021.2.10
1. conda简介
conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，主要解决了软件在安装过程中需要的依赖包和环境的问题。conda分为anaconda和miniconda。前者安装包较大，包含了较多默认安装包，而miniconda属于精简版本，可根据自己需要安装软件，推荐安装miniconda。
什么是bioconda?
在安装好miniconda之后，添加相应的生物信息软件相关的源之后，就是bioconda了。换言之，bioconda就是一种生物定制版本的conda。
2. bioconda的安装
2.1 下载安装miniconda
第一步：下载miniconda
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
第二步：运行脚本
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
第三步：一直yes或者回车就可以了
第四步：刷新配置后，就进入conda环境了
source ~/.bashrc
2.2 添加频道channels
2.2.1 常用的源
添加频道就是添加下载的站点，可以根据需要选择以下的任意一个即可：
- 官方源（网速较慢不推荐）
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
- 清华镜像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 北外镜像源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- 中科大镜像源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --set show_channel_urls yes
2.2.2 关于源的一些操作
- 显示安装的频道
conda config --set show_channel_urls yes
- 查看安装的频道
conda config --get channels
- 删除某个频道
conda config --remove channels https://www.idiap.ch/software/bob/conda
3. 利用conda安装软件
3.1 常规使用（以blast为例）
- 搜索可安装版的版本
conda search blast
- 直接安装
conda install -y blast #默认安装最高版本
加上
-y选项可以直接进行安装而不用询问
- 升级软件
conda updata blast
- 查看当前环境安装的所有软件
conda list
- 删除软件
conda remove blast
3.2 创建新环境安装软件
必要性：不同的软件对python的版本要求不同，创建新环境之后避免了软件依赖包间的冲突造成的软件安装失败
- 查看所有的环境
conda env list
- 创建一个python2的环境
conda create -y -n python2 python=2
-n指定新环境名称，-y跳过询问安装过程
- 进入/退出python2环境
conda activate python2
conda deactivate python2
- 删除环境
conda remove -n python2 --all
4. 提升安装软件速度的方法
4.1 添加较快的源，同时提升网速
4.2 在conda环境中下载mamba
conda install mamba -c conda-forge
下载之后，使用时直接用mamba替代conda即可（据说会快一些，但我没试过。。。）
-c指定下载的源
5. conda问题集锦
问题一：创建新的环境时出现：Segmentation fault (core dumped)
- 原因：之前有安装过软件，但是并没有成功，存在残余的安装包
- 解决办法：打开miniconda中的文件【pkg】，删除下载的压缩包即可
