建立一个clean文件夹,fastq文件存于test_boy文件夹中。
bin_trim_galore=trim_galore
dir='clean'
fq1='test_boy/SRR1039510_1.fastq.gz'
fq2='test_boy/SRR1039510_2.fastq.gz'
$bin_trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o $dir $fq1 $fq2
建立一个clean文件夹,fastq文件存于test_boy文件夹中。
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dir='clean'
fq1='test_boy/SRR1039510_1.fastq.gz'
fq2='test_boy/SRR1039510_2.fastq.gz'
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