标题：Cross-tissue organization of the fibroblast lineage
文献学习048--[sc]Cross-tissue organization of the fibroblast lineage - 简书 (jianshu.com)
一、摘要
成纤维细胞由功能不同的细胞群体组成，这些群体根据其来源的组织和与之相关的疾病而不同。此外，即使在一个组织中，也不是所有的成纤维细胞都是一样的。离散的、不重叠的成纤维细胞亚型驱动着这些细胞的许多生物学功能的不同方面。在一项新的研究中，美国研究人员构建出不同组织中的成纤维细胞基因表达的比较图谱，揭示了同一器官内和不同器官的成纤维细胞谱系的一般组织原则（organizing principle）。
这项研究表明，成纤维细胞存在 通用的（universal） 、 特化的（specialized） 和 疾病特异性的（perturbatione-specific） 亚群，并指出这三种亚型有一个共同的祖先。
成纤维细胞遍布所有组织，通过产生和重塑细胞外基质蛋白 (ECM) 来塑造器官的形态，长期以来，从同一组织或不同组织中分离出来的成纤维细胞之间的家族关系一直是个谜。原因之一是，在出现对单细胞中的RNA进行分析的方法之前，很难将成纤维细胞分为不同的亚型。所有成纤维细胞都执行与其谱系相一致的类似功能，如制造和修改细胞外基质的分子。然而，它们也可以执行专门的程序，以适应它们所居住的特定组织的需求。例如，特化的成纤维细胞支持骨髓中造血（血液和免疫）细胞的发育。成纤维细胞如何实现通用和特化的功能一直不清楚。造血细胞，如免疫系统的巨噬细胞，通过采用共享的、全谱系的、核心的基因表达模式，然后辅以微环境线索驱动的组织特异性基因表达，解决了具有通用功能和特化功能的问题。巨噬细胞由一种称为单核细胞的细胞类型补充。单核细胞在血液中循环，并作为组织巨噬细胞产生的通用库。 到目前为止，尚未弄清楚的是，成纤维细胞是否遵循类似巨噬细胞的模式，比如在一个特定的组织中，成纤维细胞是否存在另一种状态，即一个“通用的”、泛组织的成纤维细胞前体细胞亚群与这些细胞的一个更成熟的、组织特异性的亚群一起存在。既往的单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 研究一定程度上揭示了组织内成纤维细胞的异质性 ，揭示了组织内成纤维细胞具有的临床意义（成纤维细胞的亚型可以导致关节炎、癌症和纤维化适应症如特发性肺纤维化 (IPF) 中的疾病）。新的证据表明，组织内的成纤维细胞亚型参与调控组织稳态和疾病的不同方面。了解不同条件下成纤维细胞表型是环境依赖的还是保守的可能会为疾病治疗提供新的线索。我们假设稳态下的组织类型差异和特定的疾病背景共同引起了成纤维细胞的异质性。
Slingshot拟时序的结果提示Pi16 成纤维细胞是分化起点，其先分化成Col15a1 成纤维，随后分化成多种不同的成纤维细胞。
这些结果提示了 通用的（universal） 和 特化的（specialized） 成纤维细胞的存在，而且它们之间存在分化关系。通用成纤维细胞的作用包括分泌ECM，其中 Col15a1 通用成纤维细胞表现出分泌基底膜蛋白的能力，可能参与调节细胞外基质。而位于血管附近的Pi16细胞可能作为组织成纤维细胞起源的储存细胞。
