以下内容是参与【生信技能树-全球听第7期】的课程笔记，记录人：小瑛 ，有问题可在公众号后台留言
小白小白，请注意：笔记中出现的所有文件路径，仅作为参考，请勿模仿！
1. conda
● conda的安装
如果是一台新的服务器，可以参考视频内容，下载和服务器一致的版本进行安装。
## 下载，其实不需要，只是为了让大家了解一下，服务器已经下载好了，直接cp或者软链接即可
# wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 软链接即可
ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~
## 安装，安装过程只需要输入 yes 或者按 Enter
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 重新激活环境，类似于更新软件需要重启电脑
source ~/.bashrc
## 查看 conda 的帮助文档
conda --help # 调用成功报名安装成功
## 配置镜像，依次运行下面7句命令即可
# 下面这三行配置官网的channel地址
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
# 下面这四行配置清华大学的bioconda的channel地址，国内用户推荐
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
## 配置镜像成功
# 查看配置结果
cat ~/.condarc
● 创建小环境
小环境可以理解为家里的一个房间，有专门的作用。
将依赖的软件版本类似的，服务于同一个任务的软件安装在一起，方便管理和调用。
conda 创建小环境的本质就是创建了一个文件夹，方便管理同类型软件。
# 创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件
conda create -y -n rna python=3
# 创建小环境成功，并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖
# 查看当前conda环境
conda info -e
# 每次运行前，激活创建的小环境rna
conda activate rna # 进入小环境之后会出现（rna）
# 退出小环境
conda deactivate # 退出小环境之后会恢复（base）
● 在小环境中安装软件
# 安装 fastqc 软件 刚开始先安装一个软件试试水
conda install fastqc
# 调出帮助文档
fastqc --help # 确保安装成功
# 一个软件顺利安装之后，就可以一次安装多个软件
conda install -y sra-tools trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp
## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令
# sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
which prefetch
# trim-galore
trim_galore --help
# hisat2
hisat2 -h
hisat2 --help
# subread
featureCounts
# multiqc
multiqc --help
# samtools
samtools
which samtools
# salmon
salmon
# fastp
fastp --help
#无外乎以下几种
1. 软件名 --help
2. 软件名 -h
3. 软件名
4. 软件名变形 --help
5. 软件里包含的软件名
● 更新卸载软件
# 更新和卸载的前提是进入软件所在的小环境
更新软件: conda update 软件名
conda update python=3.8
卸载软件: conda remove 软件名
# 删除和查找不需要进入小环境
删除小环境: conda env remove -n 环境名
查找软件: conda search 软件名 # conda中的软件名可能和它本身的名字不太一样
2. 环境变量
用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量
常见环境变量
HOME # 当前用户的主目录
PATH # shell查找命令的目录列表，由冒号(:)分隔。
SHELL # bash shell的全路径名
LOGNAME # 当前用户的登录名
PS1 # shell命令行界面的主提示符 修改命令行配色
PS2 # shell命令行界面的次提示符
环境变量操作
env # 打印系统上所有变量
echo $HOME # 打印出HOME这个环境变量
>> ~/.bashrc # 修改环境变量之后需要重定向到~/.bashrc
source ~/.bashrc # source修改后的~/.bashrc才能激活修改
~/.bashrc # 该文件在每次登录或者打开新的shell时，都会被读取和执行，类似于默认设置
3. 其他安装方式
软件安装首选conda，如果conda安装失败再尝试以下三种方法。
为了不影响其他软件的环境，建议非conda安装软件前，先单独创建一个环境。
● 二进制文件安装
步骤：下载 、解压、添加到PATH （以 hisat2 为例）
# 1.下载 先去官网复制软件下载地址
wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip # -c 断点续传参数
# 2.解压
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
# 3.添加到PATH
PATH=/home/teach/biosoft/hisat2-2.1.0/:$PATH
# /home/teach/biosoft/hisat2-2.1.0/ 是软件所在路径
# 二进制安装软件如果不添加到PATH，则不能在全局调用
# 本次修改是一次性的，下次登录就会失效
# 4.添加到环境变量
# 小郭老师的方法
echo 'export PATH="/home/teach/biosoft/hisat2-2.1.0/:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
# 本次修改是永久性的
# 小娟老师的方法
echo "export PATH=/home/teach_rna/.aspera/connect/bin:\$PATH ">>~/.bashrc
source ~/.bashrc
● 源代码安装
步骤：下载 、解压、编译三部曲、添加到PATH （以 samtools 为例）
# 1.下载 先去官网复制软件下载地址
wget -c https://github. com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2
# 2.解压
tar -jxvf samtools-1.10.tar.bz2
# 3.编译
./configure -- prefix=" 安装路径 "
make
make istall
# 编译过程中如出现报错则表示环境或者其他有问题
# 编译成功则可以用路径的方式调用帮助文档
./samtools --help
# 4.添加到环境变量
echo 'export PATH=" 软件所在路径 :$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
# 添加成功则可以直接用常规的方式调用帮助文档
samtools --help
● java编译的软件
步骤：下载 、解压、运行 （以 Trimmomatic 为例）
# 1.下载 先去官网复制软件下载地址
wget -c https://github. com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2
wget -C http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip
# 2.解压
unzip Trimmomatic-0.39.zip
# 3.运行
java -jar trimmomatic-0.39.jar --help
4. 其他
apt install 软件 是服务器管理员在全局安装软件的操作
由于网速问题导致安装失败，则重复安装命令。
生信人应该这样安装软件：https://www.bilibili.com/video/av28836717
