“独立之精神，自由之思想”自陈寅恪先生提出后一方面成为了后代学者的人生指南，但另一方面也引发了一些争议和部分学者的抗辩。有人说陈先生的这种思想是在为他拒绝聆听或接受别人的意见做借口。
南怀瑾先生曾经说过，研究前人的文字必须回到前人所在的历史阶段，体会当时的时代背景和社会环境，这样才能真正体会到前人的精神。
确实如此，所谓“道可道非常道”，离开一定背景而研究文字确实会造成争议和困惑。例如释迦摩尼佛在世时的古印度是一个贫富差距极大，阶级等级森严，到处充满愚昧无知的社会环境，在这种环境下释迦摩尼佛才提出“众生平等”的思想口号，从中我们才能体会到佛祖当年的勇气和伟大。
陈寅恪先生提出这句话的背景是在上世纪战争年代，中华大地满目疮痍，继而又带来政治高压，那个时代就像一些学者说的“你连保持沉默的权利都没有”，学术作为了战争宣传和政治工具，在此大环境下去体会陈寅恪先生的自由人格和独立思想才能体会其中的难能可贵。
如何才能做到这点？陈寅恪先生所提倡的不是一种研究技巧，而是一种学者应该有的风骨，无论时代是守旧还是聚变都保持客观公正的风骨。
胡风冤案平反后，人们从一张当时拍摄的照片上看到，在全国人大常委会表决逮捕胡风之时，在满目同仇敌忾、齐刷刷丛林一样举起的手臂中，只有一位须发飘飘的老人不合时宜地根雕一样坐在椅子上一动不动，以沉默与不合作的方式表示了他的抗议和文化良知。这个人就是与胡风同姓，几百年前是一家的60岁的胡厥文。
——《南渡北归》
学者的独立精神是不被学术以外的因素所影响，以客观公正的学术态度和文化良知面对摆在眼前的问题。无所谓必须守旧，也无所谓必须革新，只是以客观事实为依据，以理论为准绳，不为死亡所要挟。
上世纪五十年代蜗居台湾的蒋介石委任胡适先生为台湾中央研究院的院长，这对当时的胡适而言既是一种荣誉也是一种难得的扶持。
在开幕会议中蒋介石片面否定了五四运动的积极作用，同时也有意将台湾中央研究院作为其政治喉舌。胡适在蒋介石发言结束后上台演讲，其第一句话便是当着所有人的面说：“总统您错了”。之后的工作中胡适也一直秉承着台湾中央研究院是一个学术机构的宗旨，仅对学术负责不参与政治。
古人云“贫贱不能移，富贵不能淫，威武不能屈”，学者的客观精神也应该如此。纵然对方对自己有人事方面的提携和帮助，感激归感激，但绝不以丧失学术的独立精神为代价。
陈寅恪先生曾说：“前人讲过的我不讲，近人讲过的我不讲，外国人讲过的我不讲，我自己讲过的也不讲，我只讲未曾有人讲过的。”若无读书人的风骨，又何来“四不讲”的学术境界呢。
