1.linux通过conda安装软件
（1）conda
- linux与conda相当于Windows与Micosoft store
（2）conda分类
如下图：生信分析选用miniconda即可
来自：生信星球
以下为准备工作
2.下载及安装miniconda
（1）下载
百度搜索miniconda 清华镜像，点击进入
miniconda有很多版本，选择最新版、操作系统、服务器对应的多少位
（我是Windows、服务器64位，所以下载Miniconda3-latest-Linux-x86_64）
- 如何查看服务器是多少位的：linux输入命令 uname -a
- 找到相应版本右键点击复制下载链接
我复制的链接如下：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 注：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀。如果后续安装失败了，脚本文件可以再次利用而不需要重复下载。
（2）安装miniconda
登录服务器，安装miniconda
- 目录切换到下载目录：biosoft（如果没有可以新建）
cd biosoft - wget + 复制的下载链接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 注意：linux的复制是鼠标左键，粘贴是鼠标右键
不要使用CTRL C/V！！！
开始安装！
开始安装（如果后续安装失败再从这一步开始安装！！！）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh-
接下来开始安装，按Enter键之后会有一系列版权证明，连续按Enter即可
-
再输入Yes之后再按Enter键
-
最后输入Yes
-
出现以下字即为安装成功
（3）最后的最后！激活！！！
-
输入下列代码进行激活（相当重要）
source ~/.bashrc -
再在命令行输入conda，如果出现一大串文字即为安装成功
3.添加镜像
在国内使用清华镜像
输入以下四行代码
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
以上准备工作完成，现在开始使用conda
4.conda使用（conda当然是用来下软件的啦）
（1）查看当前所有软件列表
输入代码
conda list
（2）下载及安装软件（fastqc软件为例）
首先要搜索软件
代码如下：
conda search fastqc
安装软件
- 代码如下：
conda install fastqc -y - 注意：-y是自动安装
- 默认安装最新版本
但是如果要指定版本，代码如下：
conda install fastqc=特定版本号 -y
（3）卸载软件
代码如下：
conda remove fastqc -y
5.conda环境
（1）何谓conda环境
可以理解为conda的不同分身
不同的项目，搭建定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。
下面开始操作
（2）查看当前conda环境列表
- 代码如下：
conda info --envs -
带*的就是默认的环境
可见目前只有base环境
（3）安装新环境并在该环境下安装软件（一步完成环境及软件安装）
举例：比如我们要处理转录组数据，建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
代码如下：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
（4）再次查看conda环境
- 代码如下：
conda info --envs -
查看发现多了一个rna-seq。但是默认环境还是base
（5）激活新的conda环境
代码如下：
conda activate rna-seq此时“*”就会转移到rna-seq前面
并且在用户名前面出现了(rna-seq)-
再输入fastqc
下面一大串信息，证明安装成功
最后附上今日思维导图：
image.png
