QTL-seq 分析
- 数据准备 亲本、低值混池、高值混池
使用 qtlseq 软件自动进行 qtlseq 分析
qtlseq \
-r genome.fa \ #参考基因组
-p p_1.fastq.gz,p_2.fastq.gz \ #亲本
-b1 L_1.fastq.gz,L_2.fastq.gz \ #低值混池
-b2 H_1.fastq.gz,H_2.fastq.gz \ #高值混池
-n1 50 \ #低值混池个体数
-n2 50 \ #高值混池个体数
-t 8 \ #线程数
-o qtlseq #输出目录
分步进行 QTL-seq 分析
1.构建基因组index
2.两组数据分别进行比对
3.变异检测
4.变异过滤
5.变异注释
6.QTL-seq 分析
前五个步骤在前面推文中已经跑过，大家可自行查看，这里只演示第六步
## 使用qtlseq软件中的qtlplot进行分析
qtlplot \
--vcf all.vcf \ # vcf 文件中样本顺序需要为亲本、混池 1(与亲本的表型一致)、混池 2
--out ./ \
--N-bulk1 50 \
--N-bulk2 50 \
-F 2 \
--window 2000 --step 100 \ #指定窗口和步长大小
--min-depth 8 --max-depth 100 \ #设置测序深度的范围
--N-rep 1000 \ # 计算阈值时的重复次数，默认5000
--min-SNPindex 0.3 \ # 去除0.3以下的SNP index
--format png
