近期因为要分析CNV的数据，用TCGAbiolinks包进行数据下载，该包可能是TCGA分析最好的包，可以下载最新的数据。但在下载过程中迟迟下载不完，总是报错，很自然以为是网速的问题，然而，用了一次热点下载，下载结果仍然是下到3.2M的时候停止。
百度也无法解决此问题，最终想到可能是路径太长的问题，于是把目标路径设置为C:\Users\zyq\Documents\，同样的代码，基本下载成功了，共1147个文件，下载完1146个，还差一个，通过鼠标下载的方法把那个解压到对应的文件夹即可。
GDCdownload(query, method = "api")
这一步可以用鼠标下载，同时下载“gdc_manifest”，“metadata.cart.2021-04-26”，“gdc_download_20210426_082120.071064.tar”这三个文件。将下载的“gdc_download_20210426_082120.071064.tar”解压缩，里面有1147个文件夹，每个对应一个样本，拷贝到"C:\Users\zyq\Documents\LUAD\GDCdata\TCGA-LUAD\harmonized\Copy_Number_Variation\Masked_Copy_Number_Segment"文件夹下，就可以运行GDCprepare()函数了。
CNV_download <- GDCprepare(query = query,
save = TRUE,
save.filename = "TCGA-LUAD.CNV_download.rda")
后面就可以正常运行了。
