检查有没有bzip2
输入bzip2,检查
安装:yum install -y bzip2
下载miniconda
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活miniconda
source ~/.bashrc
添加镜像
1.# conda config --remove-key channels
2.conda config --add channels r
3.conda config --add channels conda-forge
4.conda config --add channels bioconda
5.conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
conda list(所有软件列表)
conda search fastqc(搜索软件)
conda install fastqc -y(安装软件)
conda remove fastqc -y(卸载软件)
环境 conda
查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
#建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
查看conda环境
conda info --envs
激活新的conda环境
conda activate rna-seq
卸载一个环境中的软件
###要卸载环境中的全部软件,也就是卸载整个环境卸载环境的时候,需要先退出当前环境再删除
conda deactivate
#卸载环境中的软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
# 卸载环境
conda remove -n rna-seq --all