来自【樊龙江《生物信息学》第二版】附录2。
一、重要门户网站和主要分子数据库
重要门户网站
美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI），www.ncbi.nlm.nih.gov/
欧洲生物信息学研究所/欧洲分子生物学实验室（European Bioinformatics Institute, EBI）/（European Molecular Biology Laboratory, EMBL），www.ebi.ac.uk
中国国家基因组科学数据中心（National Genomics Data Center, NGDC），https://bigd.big.ac.cn/
蛋白质序列分析专家系统（ExPASy），www.expasy.org
GitHub生物信息学开源和商业化软件工具平台，https://github.com主要分子数据库
- 核酸相关
| 数据库类别 | 数据库类型及名称 |
|---|---|
| DNA 和 RNA 序列数据库 | GenBank |
| ENA | |
| GSA | |
| RefSeq | |
| 非编码 RNA 数据库 | RNAcentral |
| NONCODE | |
| miRBase | |
| Rfam | |
| LncBook | |
| circAtlas | |
| PlantcircBase | |
| NPInter | |
| 基因组数据库——综合性 | Ensembl |
| NCBI Genome | |
| GOLD |
- 核苷酸相关
| 数据库类别 | 数据库类型及名称 |
|---|---|
| 基因组数据库——植物 | Phytozome |
| Gramene | |
| PLAZA | |
| TAIR | |
| IC4R | |
| MaizeGD | |
| 基因组数据库——人类 | UCSC Genome Browser |
| The Cancer Genome Atlas (TCGA) | |
| International CancerGenome Consortium (ICGC) | |
| HCA | |
| 基因组数据库——模式生物 | Flybase |
| Mouse Genome Informatics (MGI) | |
| Zebrafish Information Network genome database (ZFIN) | |
| WormBase | |
| Nematode.net | |
| The Saccharomyces Genome Database (SGD) | |
| 基因功能分类等数据库 | GO |
| BUSCO | |
| Expression Atlas | |
| Dfam |
- 蛋白质相关
| 数据库类别 | 数据库类型及名称 |
|---|---|
| 蛋白质序列数据库 | Swiss-Prot/TrEMBL/UniProtKB |
| PIR | |
| 蛋白质结构数据库 | wwPDB (PDB/PDBe/PDBj/BMRB) |
| SCOP | |
| CATH | |
| 蛋白质组学数据库 | PRIDE |
| 蛋白质功能域数据库 | InterPro |
| Pfam | |
| PROSITE | |
| 代谢途径数据库 | KEGG |
| REACTOME | |
| MetaboLights | |
| Pathguide | |
| MANET | |
| PlantCyc | |
| MapMan |
补充：
- 蛋白质功能数据库
EggNOG
二、生物信息学主要在线和开源分析工具
- 序列搜索
补充：
- 多序列联配
- 基序查找
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| MEME | http://meme-suite.org | http://meme-suite.org |
| SMART | http://smart.embl-heidelberg.de | — |
- 基因预测
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| FGeneSH | http://www.softberry.com/berry.phtml | — |
| GENSCAN | http://hollywood.mit.edu/GENSCAN.html | http://hollywood.mit.edu/burgelab/software.html |
| AUGUSTUS | http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus | http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus |
| GeneMark | — | http://exon.gatech.edu/GeneMark |
| EVidenceModler | — | http://evidencemodeler.github.io |
补充：
- 开放阅读框查找和翻译
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| ORFfinder | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder | http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/TOOLS/ORFfinder/linux-i64 |
| Transeq | http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq | http://emboss.open-bio.org |
- 引物设计
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| Primer-BLAST | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast | — |
| Primer Design | http://bioweb.uwlax.edu/genweb/molecular/seq_anal/primer_design/primer_design.htm | — |
- 非编码 RNA 分析
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| MIREAP | — | https://sourceforge.net/projects/mireap |
| The ViennaRNA Package | http://rna.tbi.univie.ac.at | http://www.tbi.univie.ac.at/RNA |
| The UEA small RNA Workbench | — | http://srna-workbench.cmp.uea.ac.uk/downloads |
| UNAFold | http://unafold.rna.albany.edu | — |
| CPC2 | http://cpc2.cbi.pku.edu.cn | http://cpc2.gao-lab.org/download.php |
| CIRI/CIRI2/CIRI-AS/CIRI-full | — | https://sourceforge.net/projects/ciri |
| eTM-finder. circseq-cup 等 | — | http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/tools |
- 表观修饰
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| Tombo | — | https://github.com/nanoporetech/tombo |
| Nanopolish | — | https://github.com/jts/nanopolish |
| DeepMod | — | https://github.com/WGLab/DeepMod |
- 蛋白质结构预测
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| InterProScan（功能域） | http://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence | http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html |
| PSIPRED（二级结构） | http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred | http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/psipred |
| SWISS-MODEL（三级结构） | http://swissmodel.expasy.org | — |
| I-TASSER（三级结构） | https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER | https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/download |
| Swiss-PdbViewer | https://spdbv.vital-it.ch | https://spdbv.unil.ch/disclaim.html |
- 蛋白质互作
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| STRING] | https://string-db.org | https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=gsiC7vcwA06g |
- 系统发生树构建
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| PhyML | http://www.atgc-montpellier.fr/phyml | https://github.com/stephaneguindon/phyml |
| RAxML | https://raxml-ng.vital-it.ch | https://github.com/stamatak/standard-RAxML |
| Phylogenyfr | http://phylogeny.lirmm.fr/ | — |
| iTOL | http://itol.embl.de | — |
| MEGA | — | http://www.megasoftware.net |
| FastTree | — | http://meta.microbesonline.org/fasttree |
| Phylip | — | http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html |
| PAML | — | http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html |
| MrBayes | — | http://nbisweden.github.io/MrBayes |
补充：
- 基因组组装
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| SOAPdenovo | — | https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2 |
| ALLPATHS-LG | — | https://software.broadinstitute.org/allpaths-lg/blog |
| Canu | — | https://github.com/marbl/canu |
| wtdbg2 | — | https://github.com/ruanjue/wtdbg2 |
| Flye | — | https://github.com/fenderglass/Flye |
| NeCAT | — | https://github.com/xiaochuanle/NECAT |
| Miniasm | — | https://github.com/lh3/miniasm |
| Falcon | — | https://github.com/falconry/falcon |
| hifiasm | — | https://github.com/chhylp123/hifiasm |
| MaSuRCA | — | https://github.com/alekseyzimin/masurca |
| pilon | — | https://github.com/broadinstitute/pilon |
| medaka | — | https://github.com/nanoporetech/medaka |
| arrow | — | https://github.com/PacificBiosciences |
补充：
- 转录组分析
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| HISAT2 | — | https://ccb.jhu.edu/software/hisat |
| StringTie | — | https://ccb.jhu.edu/software/stringtie |
| TopHat | — | https://ccb.jhu.edu/software/tophat |
| Cufflinks | — | http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks |
| NetworkAnalyst | http://www.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst | — |
| FLAIR | — | https://github.com/BrooksLabUCSC/flair |
| TALON | — | https://github.com/mortazavilab/TALON |
补充：
- 三维基因组 Hi-C 数据库
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| HiCNorm | — | https://github.com/ren-lab/HiCNorm |
| Hic-Pro | — | https://github.com/nservant/HiC-Pro |
| Chrom3D | — | https://github.com/Chrom3D/Chrom3D |
| HiCExplorer | http://hicexplorer.usegalaxy.eu | https://github.com/deeptools/HiCExplorer |
| TADbit | — | https://github.com/3DGenomes/tadbit |
| HiCPlotter | — | https://github.com/akdemirlab/HiCPlotter |
| Juicebox | http://aidenlab.org/juicebox | — |
| 3d-dna | — | https://github.com/aidenlab/3d-dna |
| SALSA | — | https://github.com/marbl/SALSA |
- 基因组变异鉴定
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| Bowtie2 | — | https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio |
| BWA | — | https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files |
| SAMtools | — | https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools |
| GATK | — | https://github.com/broadinstitute/gatk/releases |
| Pickey | — | https://github.com/TheJacksonLaboratory/Picky |
| Sniffles | — | https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles |
补充：
- 基因组浏览器与可视化
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| Gbrowser | — | http://sourceforge.net/projects/gmod/files/Geneic%20Genome%20Brower |
| JBrowser | — | http://jbrowse.org |
| IGV | — | http://software.broadinstitute.org/software/igv |
| Circos | — | http://circos.ca/software |
| ggplot2 | — | https://github.com/tidyverse/ggplot2 |
- 综合
| 工具名称 | 在线分析平台 | 开源软件下载地址 |
|---|---|---|
| Galaxy | https://usegalaxy.org | https://github.com/galaxyproject/galaxy |
| Multiple tools for genome analysis | http://molbiol-tools.ca/Genomics.htm | — |
| VISTA | http://genome.lbl.gov/vista | http://pipeline.lbl.gov/software.shtml |
| TBtools | — | https://github.com/CJ-Chen/TBtools |
