Rosetta 下载
下载Rosetta,首先都需要去申请license,对于学生更为友好,可以免费的下载。
申请 License
学术版本下载
Rosetta的发布有两种主要的形式: 稳定的正式版本(Numbered Release)和每周发行的版本(Weekly Release),由于每周发行版本会修复bug和新增最新功能,强烈建议下载此版本的源码。有一些软件的Rosetta的依赖比较旧,所以需要更早版本的Rosetta,注意Rosetta的版本。
wget --user --password https://www.rosettacommons.org/downloads/academic/*
Rosetta的安装
最新的Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7
这里面的安装都在吴炜坤大神的介绍里:Ubuntu Desktop下配置Rosetta安装教程 - 知乎 (zhihu.com)
其中要补充的:
OPENMPI的安装
# 下载 openmpi 压缩包,
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.0/downloads/openmpi-3.1.0.tar.gz
# 解压
tar -xvf openmpi-3.1.0.tar.gz
# 配置,后面表示安装的位置信息,这里才会出现bin和lib目录
./configure --prefix=/usr/local/openmpi
# 编译
make
# 安装
# MPI 库文件默认安装目录 - /usr/local/lib
sudo make install
# 环境变量设置
vim ~/.bashrc
# 在末尾添加下面两行行
export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc
sudo ldconfig
Rosetta的编译与安装
cd rosetta*/main/source
# 常规命令行构建Rosetta
./scons.py -j <number_of_cores_to_use> mode=release bin
参考
Ubuntu Desktop下配置Rosetta安装教程 - 知乎 (zhihu.com)
Ubuntu - openmpi 源码安装 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)