0.参考文献:
Bäckhed, F., Roswall, J., Peng, Y., Feng, Q., Jia, H., Kovatcheva-Datchary, P., et al. (2015). Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life. Cell Host Microbe 17, 690–703. doi: 10.1016/j.chom.2015.04.004
可以参考这个流程
https://www.jianshu.com/p/18995c6064be
1.这里我们使用别人打包的软件
https://github.com/jameslz/biostack-suits
下载那个 biostack-suits 的 release 包, 里面是tsv-utils就是用到的工具
wget https://github.com/jameslz/biostack-suits/releases/download/biostack-suits-0.0.2/biostack-suits-0.0.2-x86_64.tar.gz
tar -zxvf biostack-suits-0.0.2-x86_64.tar.gz
2.输入文件有两个
不同样本K号的丰度表
样本分组表
./tsv-utils view -c 输入文件1 | \
./tsv-utils trim - 0 | \
./tsv-utils groupline -r 输入文件2 - | \
./rscore-tk ttest -p 1 - Basalt Chalk | \
./rscore-tk bh - | \
./rscore-tk zscore - | \
./rscore-tk rscore path_stat_KO.xls - | \
./tsv-utils view -c - > path.report_score.txt
#假设我的两个分组分别叫Basalt和Chalk
#请注意./rscore-tk ttest -p 1 - Basalt Chalk | \这一行
#如果顺序是Chalk Basalt 负数表示Chalk高；正数表示Basalt高
#如果顺序是Basalt Chalk 负数表示Basalt高；正数表示Chalk高
