df -h 查看电脑配置
history 查看操作历史
ls 列出当前文件夹中的文件
cd change directory 改变路径
w显示目前登入系统的用户信息
free -g 看内存还有多少 -g 以GB形式查看 -m MB -k KB
cd - 路径 改变路径 直接cd 到工作路径吧
cd - 回到上一级目录
cd ~回到个人目录下
cd ../ 回到上层目录
exit 退出当前电脑
top 实时动态查看系统整体运行情况
注意 ： 此处 需要用ctrl+C退出top命令
sleep 10 睡眠10秒 所发出命令 10s后才会响应
& 任务在后台运行
which ls 查看ls这个命令来自哪里
ps -ef 标准形式显示进程 简单来说 就是电脑的 任务管理器
ifconfig看IP地址
pwd 目前所在的工作目录的绝对路径名称
重要三命令 ls pwd cd
mkdir 创建文件夹
touch 创建新的空文件
echo 内容打印到屏幕上
tree -h 以树状结构展示文件夹以及其内容
mkdir foloder {1..10} 创建10个文件夹mkdir -p tmp 如果存在，不创建，如果tmp不存在，就创建tmp文件夹 -p还能一键创建俩文件夹
linux中所有文件都在/下边，路径一定要打/.
ls /tmp/ 该文件夹是大家共有的
cp ~/某文件 ./ copy 复制某文件到某个路径 从哪到哪 需要俩路径
cat > 文件 向文件中写入内容
cat 文件 查看文件内容
rm -rf 文件名 删除文件
如何查看命令作用
man 命令 查看命令及其对应参数的作用
wget 网址 下载数据
看一下字节 行数、字数
wc test.bed
head 查看前10行
head -1 文件名 看第一行
more 文件名 慢慢查看文件内容
less -S 可以有规律的可视化内容 折叠比较长的行
less -SN 标记行数 Nnumber
grep 要匹配的文字目标 匹配的文件 从文件中匹配文字
| 管道符号
cat -n test.bed | grep 文本内容 文本文件
列数怎么计算？
cut -f 1 test.bed
tr 将一组字符 替换为另一组 text replace
三要素 命令 参数 文件
sort 命令
-k2 按照第2列排序 2nr 按照第二列 数字 reverse排列。ll命令
”ls -l --color=auto“的别名而已。ll命令可以默认列出当前目录内文件的详细属性信息，包含权限、所属、修改时间以及容量占用大小等等信息。
原文链接：https://www.linuxcool.com/ll
linux 下载与软件上传
- 从软件官网下载到本地
- 通过Xftp上传到远程服务器（wget下载网速慢）
- 根据对应软件压缩解压方式，采用相应命令解压文件
tar文件用untartar.bz文件用tar xvfj解压 然后make一下
- x解压 v 提示信息 j 对应bz结尾的压缩文件
-
cd到相应文件夹，ls看可执行文件
5.调用软件
- 让软件界面稍微好看的代码
PS1="\[e[32;1m\]\u \[\e[33;1m\]\t \[\e[35;1m]\w \n\[\e[0;40m\]$"
- 调用软件的方法
- 设置变量
bowtie2=软件路径then使用的时候用$bowtie2 - 使用
alias bowtie2=软件路径, 然后bowtie2等于建立一个快捷方式 - 环境变量
echo $PATH, export PATH='$PATH:~/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64/'
追加环境变量 cat >> ~/.bashrc 然后source 该命令 使得 追加内容永久生效
vi ~/.bashrc 进入环境变量界面 i 可编辑 退出用 ESC:wq
bash tmp.sh#运行脚本
安装anoconda 及镜像频道配置
这四句代码实现镜像频道配置
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
cat ~/.condarc 查看配置过的镜像频道
查看已经安装的镜像频道 ----两种方法
创建独立环境（参考生信技能树）
删除 重命名小环境
安装指定版本的fastqc
同时安装多个软件
conda list 可以查看安装的包 ， conda list fast* 查看符合正则表达式的软件 conda list -n rnaseq 查看指定环境中的包
软件删除
软件版本改变 更新
- 在环境中安装的软件仅在环境中可以调用。
当遇到软件安装失败，可以考虑用mamba
安装过程 ：1. 激活base环境 conda activate base
- 安装mamba
conda install mamba
-
注意：装在base环境中的包在其他环境中可正常调用，不需要重复安装
image.png
查看依赖关系
版本控制与迁移（参考生信技能树）
软件本地安装
小技巧
- 备份~/.bashrc
cp ~/.bashrc ~/.bashrc_bak
在~/.bashrc中写入
echo "alias rna='conda activate rnaseq'" >> ~/.bashrc
echo "alias deact ='conda deactivate'" >> ~/.bashrc
重新加载一下~/.bashrc
source ~/.bashrc - tips: ~/.bashrc 文件很重要，最好先备份一下。
删除没有使用的包
- 清除掉下载了但是没有用到的包
conda clean -itips:更换镜像时记得先运行这一条
conda clean -p
conda clean -t
conda clean -a -
what is -i -p -t -a?
image.png
如何用conda 将软件安装到指定位置?
先创建一个biosoft文件夹，在里边创建一个samtools文件夹
mkdir -p ~/biosoft/samtools
使用-p参数指定安装位置
conda install -p ~/biosoft/samtools samtools
如何按照位置启动小环境？
直接指定到安装的位置即可
conda activate /home/data/vip300/miniconda3/envs/rnaseq
为特定环境设置特殊频道？
需要安装的常用软件
解压文件命令解读 （参考生信技能树）
各种命令及其 英文名称
常用快捷键
不挂起后台运行命令
nohup和&后台运行，进程查看及终止 - Mr_Yun - 博客园 (cnblogs.com)
linux |nohup运行R脚本 - 简书 (jianshu.com)
linux -ps 命令详解
watch -n 1 'ps -au |grep pid' #动态查看任务运行状况
Linux ps命令详解 - 白春雨 - 博客园 (cnblogs.com)
