明朝隆庆六年（1572年）五月，穆宗驾崩。六月，第十三位皇帝朱翊钧即位，是为神宗显皇帝。明年（1573），改年号为万历，寓意明朝与世长存，也有皇帝历世长久、万寿无疆之意。万历四十八年（1620年）七月，神宗驾崩。八月，皇太子朱常洛即位，是为光宗。使用48年的万历年号，是明朝使用时间最长的年号。
万历年间，资中县这片土地为资县所辖。明太祖洪武四年（1371），改资州为资县，属成都府。
万历二年（1574），资县人重修县城北关外重龙山麓宋代修建的东岳庙。该庙傍山而建，层层升高，前后三重殿堂，有厢房十余间。清乾隆年间和清同治五年（1866）翻修东岳庙，以后又多次修缮。目前，该庙仅存牌坊式砖瓦结构山门和舌头式木结构二层戏台，台高二点五米。戏台顶梁有“资州直隶州牧杨昶”几字。
万历三年（1575），资县民众为纪念邑人铁面御史周冕，于小东门外东皋寺修建“静觉禅林”石牌坊。《大清一统志》记载，“周冕，资县人，嘉靖进士，擢御史。重建太庙，成帝将遣官代祭，冕上章争之。帝大怒，下狱，终以其言直释还职。疏请东宫讲学，以端国本，谪云南通海典史。寻升兵部郎中，劾严嵩父子冒滥军功，力救杨继盛冤，直声震朝廷。复下狱拷讯，斥为民。隆庆初，起太仆少卿，遭母忧，未任，卒”。
同一年，在资县东三十里，“里人陈元，塑儒释道像三尊”，修建高庙子，又名三教堂。
万历五年（1577），云南昆明举人，四川布政司参议高任重与河南颍川进士，四川布政司分守上下川南道左参议李薦佳同游资县北岩寺后，高任重在北岩篆书“方岳纪游”四字，“旁欵万历五年岁次辛巳冬十月，四川布政司分守上下川南道左参议颍川李薦佳，昆明高任重同游”。
万历六年（1578）春王四日，已成为佥事的李薦佳再次到资县北岩游玩，这次的同游者为河南睢阳人左参政孙坤。“见山明水秀，水卧君子亭碑，山刻佛像，殊形怪貌不计其数，俨然诸天境界。诚希觏之奇观也，遂相与对境称觞，周游于山水之间，乐而忘倦亦。庶几乎仁知之无尽（阙）与未敢也。因书之，以纪胜游云坤书。”
万历八年（1580），奉神宗皇帝的诏令，资县人在县城北五里为太仆寺少卿、铁面御史周冕修建周公祠，赐春秋祭田数亩。《四川通志》记载，“周公祠，在州北五里，飱（勅）建祀名臣周冕”。150多年后，四川威远人，清乾隆元年（1736）实授保定府知府倪象恺，“少从先生之嫡孙奋豫夫子游”，其在《周松崖先生祠堂记》中写道，“松崖先生讳冕，字叔敬，今资州龙山人，有明直臣也”。
同一年，在资县东四十五里，清性和尚主持修建了盘龙寺， “山若盘龙，故名。”
万历十年（1582），在资县东四十里，邑人修建陡岩寺。
万历十二年（1584），在资县东北四十里，邑人修建杨家寺。在资县西八十里，邑人修建普贤寺。
万历十四年（1586），在资县西二十里，清辉和尚募捐修建了普济桥，该桥旧名叫会川桥。
万历十五年孟春（1587），资县后西街的山斗祠（林家祠堂）修建“西昌山斗”宗祠牌坊，坊上有“海屋长春家传孝第”，“西昌山斗世笃忠贞”等文字。牌坊为石质结构坊，整体呈砖红色，牌坊中横下部刻有双龙戏珠花纹，为四柱三间五楼，庑殿顶，仿筒瓦屋面，坊通高6.05米、宽4.51米、厚1.54米。坊下配8个抱鼓，坊柱上阴刻有“长山衍派，护阙流芳”，中横阴刻“西昌山斗”，背面额为：“济南林氏祠，家传孝第，世笃忠贞。”清道光十三年（1833）癸已岁仲春吉日重修。
1973年—1993年，县文化部门管理重龙山期间，县博物馆馆长杨祖垲先后组织搬迁多处文物到重龙山，其中就有迁建于半山腰“古北岩”旁的“西昌山斗”石牌坊。牌坊上有资中当代著名诗人王体诚撰写的“山绕睛岚，北郭横青招鹤降；翠流雅韵，东坡浮白唤鱼来”等几副对联。
万历十七年（1589），资县人冷逢震编撰《资县志》四册。据《千顷堂书目》记载，冷逢震还编撰有《周正考》一卷，“杂引古今经史子传，以正胡传夏时冠周月之误。万历中，四川资县人”。
万历二十年（1592），在县东十里唐明渡（《大清一统志·资州》，唐明渡在州东十里。相传唐明皇幸蜀憩此，故名）北岸岩坡上，资县知县田登庸重修道教寺院高山观，“观前为古道，面临大江，有宋状元赵逵、孝子龙海孙坊。”明世宗嘉靖四十三年（1564），时任知县，云南腾冲卫籍浙江绍兴府余姚县人吴宗尧始建高山观。清乾隆年间，资州直隶州知州，河南人王尔鉴有《题高山观》诗，“寻春寻到高山观，仰止高山姓字香。四面云笼纯孝里，千秋石表状元坊；悬岩树带沧江转，插汉峰连彩凤翔。岂是地灵人乃杰，春风披拂吊斜阳”。
万历二十二年（1594）秋，重修资县水南上街的炳灵庙。《四川通志》记载，“炳灵庙在州南二里，相传帝尧第十七子食邑于资，为土主神”。《资中县续修资州志》记载，“炳灵庙在县西一里，祀神尧第九子，名资”。炳灵庙始建于南宋宝祐元年（1253），“历伪夏开熙辛亥，迄明万历甲午节次重修”。万历壬辰（1592）制科廷试应选贡士邑人孙续，为炳灵祠碑撰文。
万历二十六年（1598）岁次戊戌，春三月，资县发生大的瘟疫，导致不少人死亡。赵现海在《明末大瘟疫的元凶》中指出，“从万历初年到明朝灭亡这段时间，大江南北暴发了规模巨大的瘟疫，北方地区尤甚”。“万历时期，瘟疫大多是在旱灾发生之后开始大规模暴发的”，具有“瘟疫致命性高、暴发地点广、种类繁多复杂”等特点。同年五月，资县“大水泛涨，有硝矿气河鱼浮殁，人可收取。”
万历二十八年（1600），在县城东大街达江门内修建城隍庙。清高宗乾隆五十六年（1791），陕西举人署任知州淡士灏，重修圣庙、奎楼及城隍庙。
万历三十八年（1610）岁次庚戌，闰三月十四日夜晚，资县东城的小十字街、西城的金带街发生大的火灾，“忽有火星飞起，因风发火，东西南北狂焰四合，延烧廨宇无数，民家总计一千二百八十三户。”到了第二天，“居人出徙城外避火”。不幸的是，这一天流经县城的沱江河水又突然暴涨，“人畜器物皆漂没，城中民免于焦土者，又半为鱼矣”。
万历四十年（1612），在资县东二十五里，邑人修建宋家寺。
万历四十七年（1619），统计户口人数，资县仅有1240户，22815人。万历年间，天旱、瘟疫、战乱等原因，导致资县市集成墟、哀鸿号野，本土人丁孑遗无几。
另外，明万历年间在资县西五十里，与威远县交界的景尼山上修建老店子，后来成为铁佛场、铁佛镇，因建有铁佛寺而得名。在现今双龙镇柏林村，修建踏水桥，即后来有名的跳墩子桥。在现今球溪镇，修建球溪河桥，为后来成渝公路133公里474米处球溪河大桥的前身。寨子寺、高坪寺也建于明万历年间。
