COVID-19 和SARS-COV2
SARS-COV2：病毒名称；严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）
COVID-19：SARS-CoV-2引起的疾病名称：2019冠状病毒病（COVID-19）
新冠基因组
SARS-COV2是单股正链RNA病毒，参考基因组全长29,903bp(接近30k)。典型的冠状病毒属结构：5' 非编码区（Untranslated regions，UTR），复合酶复合体（Open reading frame lab，ORFlab）、刺突糖蛋白（Spike，S）基因、包膜蛋白（Envelope，E）基因、膜蛋白（Membrance，M）基因、核衣壳蛋白（Nucleocapsid，N）基因、含有ploly（A）
新冠病毒分型与突变
SARS-CoV-2病毒变异株
• Variants of concern（VOC）：关切变种
• Variants of interest（VOI）：存疑变种
• Variants under monitoring (VUM)：监测变种
WHO于2021年2月25日发布了VOC和VOI的定义和工作建议。
• 其中VOC应满足：
• 1）流行病学上传播力增强或流行特点出现有害变化；
• 2）致病力增强或临床表现趋重，或公共卫生、社会措施或现有诊断、疫苗、治疗方
法的有效性降低；
以下斯坦福网址可查看不同变种的突变信息
https://covdb.stanford.edu/variants/omicron_ba_2/
新的SARS-CoV-2 突变意味着什么？
病毒在传播过程中会发生变异。像SARS-CoV-2 这样的 RNA 病毒，在选择性压力下会发生高比例变异。
- 人群中传播的更快
- 对人类造成轻微或严重疾病的能力
- 对治疗药物如单克隆抗体的敏感性降低
- 逃避疫苗免疫的能力
- 逃避特定检测的能力
S蛋白的重要氨基酸突变将影响SARS-CoV-2的生物学特性
每个病毒粒子包膜上约含有30~40个S 蛋白同型三聚体；
每个S 蛋白单体又分为S1亚基和S2亚基；
S1介导病毒与细胞受体结合而S2介导病毒与细胞膜融合作用；
• S蛋白氨基酸突变位点分析结果显示：S1亚基是氨基酸突变位点积累较多的区域；
S1亚基主要包含：
- 受体结合结构域（receptor binding domain，RBD）
- N-末端结构域（N-terminal domain，NTD）
RBD区域氨基酸突变
RBD区域不仅与ACE2 结合，还是多种中和抗体竞争性结合的区域。因此，RBD 区域的氨基酸突变最
有可能导致病毒免疫逃逸，尤其是受体结合基序（receptor binding motif，RBM）的氨基酸突变。
• 重要突变位点：
• N501Y突变 ：增强病毒与细胞受体ACE2 的亲和力。
• E484K/Q突变 ：增强病毒株的免疫逃逸能力，例如对单克隆抗体以及部分康复者血清具有明显的抵抗作用。
• K417N/T突变 ：使病毒具有免疫逃逸能力。
• L452R突变 ：使病毒的感染性增加。
• 其他突变 ：Y453F、N439K、S477N等。
NTD区域氨基酸突变
• NTD区域的突变同样值得关注。在发现的VOC 变异株中，NTD区域拥有多个氨基酸突变。NTD 区域
的突变常常伴随RBD区域突变后发生，并与RBD 区域突变以组合的形式存在于多种变异株中，辅助
提高变异株的感染力与适应性。
• 重要突变位点：
• HV69-70del：可引起S 蛋白S1亚基构象改变。研究表明，HV6970del主要与造成免疫逃逸的突变位点同时出现，
增强病毒的细胞感染力
• 其他氨基酸突变：L18F、Y144del等。
新冠病毒分型方法
通常我们需要获得一个样本的全基因组序列，或相对于原始株的所有变异。可用到常用的call变异软件和组装拼接软件（IRMA）。
新冠分型和溯源的方法，分别可在以下网址测试：
1 nextclade
网址：https://clades.nextstrain.org/
只需要将多个样本的基因组序列，放在一个fasta文件中，上传即可查看基因组序列质控和谱系聚类
点击右上角的进化树按钮，可进一步查看进化树。
2 pangolin分型
将基因组序列上传到pangolin网站，这也是世界上公认的分型方法。
https://pangolin.cog-uk.io/
点击分型旁边的叹号，可以查看该变种流行的国家、时间、数量。
