距离第一篇简书笔记（2019-8-20）已经一年有余了，本来是想在一周年的时候写一篇心路历程的，后来一想，还是等到粉丝数破千的时候再写更有意义。因为正是这些支持我的小伙伴们的激励使得我一年多以来坚持自学生信，并且记录每一个我觉得值得记录的知识。

这是一篇有点长的学习感悟，和所有关注我的小伙伴们分享~

开始自学生信的原因

我的专业是生化分子，是做纯wet实验的，比如细胞培养，WB，qPCR，IHC，流式等等这些bench work，有时也杀杀老鼠。学习生信并不是我的爱好。不像很多小伙伴是因为喜欢生信，或者因为想利用生信发文章从而去深入学习。实际上我对高科技的东西并不精通，尤其是电脑。迫使我狠下心学习生信的原因很简单：被人瞧不起。

莫名其妙的“自信”

我在2017年夏天毕业于国内一所985学校，名字就不提了（怕给学校丢脸。。。）。当时毕业那年因为要达到毕业要求，发了一篇现在已经被踢出sci的“水刊”：oncotarget（当时还是5点多分的杂志）。那时候指导我的课题的导师（并不是实验室里的大老板）对我博士的工作还是比较肯定的，并且我实验室大老板经常给我们灌输一种思想：“从我们实验室走出去的学生都是非常优秀的，咱们实验室是training的很好的！”。所以就给了我一种错觉，觉得自己毕业之后，无论去哪儿都能hold住任何环境，都能秒杀所有竞争者。然而现实却结结实实的给了我一个耳光。

初来US

2017年博士毕业的时候，我不知道RNA-seq是干嘛用的，只是听说好像很火的样子；我看不懂ChIP-seq的峰图，我不知道什么是ATAC-seq，我更不知道什么是GEO，什么是TCGA数据库。我不懂这些技术的原理，更不要说去分析数据。即使这样，我仍然觉得自己是“无敌”的。

博士毕业后第一份博后工作是US的一个研究所，老板是一个中国人。当时刚去的时候发现老板貌似不缺钱，生信的东西涉及的不多，听说老板有“御用”的生信分析人员，就是花点钱的事。实验室里的同学们也没有涉及到生信分析，所以我总觉得，生信这个东西我不需要了解，反正只要老板有钱交给别人分析就行，我负责bench work就够了。后来因为某些原因，不到一年的时候我辞掉了这个工作，来到了现在的实验室做博后。

被现实打了耳光

刚来到新实验室的时候，我仍然觉得自己“好牛逼”，现在想想很好笑，就像个白痴一样。这个新实验室老板是个欧洲人，没有那么多钱，实验室里人也不多，包括我在内一共2个博后，1个博士。刚进来第2个月的时候，有一个申请博后奖学金的talk，老板让我去试试，当时我对自己要做的课题还不是很熟悉（我觉得有一部分原因是英语不太好。因为之前的那个实验室里基本上都是中国人，现在要全部说英语），所以在准备这个talk的时候，我基本就是纯靠背稿子。

后来这个talk讲的还不错，因为背的很熟练。但是后面的回答问题部分把我学术上知识的匮乏暴露的一览无遗。我不太记得当时提问的是什么了，但是有一个单词，我想这辈子都不会忘记它：barcode。当时的我自然不会知道这个提问者说的barcode到底是个什么鬼。其实这并不是最让我感到难受的事情。因为后来的一件事，让我严重怀疑自己的水平，我到底是不是像大老板说的：“我们实验室的人是training的很好的”。讲完talk后我和同学、老板回到实验室，我听到他们在另一个bench旁聊天，我清楚的听到实验室里另一个博后跟老板说：“She didn't even know what the barcode is!” 当时我的内心是有点崩溃的，但是仍然觉得，也许这个博后的水平确实异于常人的高，才会说这样的话。但是老板也没有说我什么，只是意思意思的说“讲的不错”。

后来最终促使我下定决心自学生信的，是我跟老板提换签证的事情。当时老板说换签证需要证明这个实验室没有你不行。而他不能给我证明。因为他说：“I don't think you are irreplaceable.” 这句话对于我来说是非常伤自尊的。虽然从小没得过什么三好学生，也没拿过什么大奖，但是从来没有一个老师这么直接的说我并不是不可替代的。但事实也的确如此，实验室的3个人里我是最可以被取代的；甚至中午在饭厅吃饭的时候和隔壁实验室的同学闲聊，发现只有我不会生信分析。于是我为了以后给自己多一些选择的余地，为了成为那个“不可代替”的人，非常非常不情愿的开始了学习生信。

开始学习

于是我就从"pwd","cd","ls"这些最最基础的命令开始学。而且只能抽出晚上的时间学习。所以学的一直很慢，而且没有头绪。有时也在网上搜一些视频（因为穷所以看的都是免费视频），中文的英文的都有，但是因为时间太零碎，都是断断续续的学。好在学校里给博士生开的生信课是公开的，博后也可以去蹭课听，所以我就蹭了几节课，由于实验的缘故，课也是去一次，落两次。但是蹭课的过程里给我印象最深的，是真真切切的感受到国外的生物领域的教育模式。在我这个学校里，除了生信专业的，其他只要与生物沾边的专业的博士生，生信是必修课！是的，你没看错，每个人必须参加，还要考试！我才知道为什么我周围的人都会生信，因为这是他们必修课（不知道现在国内学校的生物学博士生是不是都开设生信的必修课，当时我读博的时候是没有生信课的）。。。另一个印象深刻的是在课堂上，为了让每一个学生都能真正的跟上老师的步骤，除了台上讲课的老师，台下也会坐着两个老师，每运行一行代码，只要有人说“报错了”，台下的老师就会走到他身边看看是什么问题。非常的细心照顾到每一个学生。

其实真正让我能踏实下来有整块的时间学习生信，是由于疫情的shutdown，实验室关门，只能在家呆着。在家的三个月里，几乎学习了比之前半年学的还多的东西。最明显的就是简书的笔记数量，之前半年写了大概不到30篇笔记，而疫情停摆的三个月写了将近50多篇学习笔记。学校也开设了免费的网课，系统的讲了R以及利用服务器进行RNA-seq和ChIP-seq的完整流程。课程都是录制的，听不懂的地方还可以结束以后反复听。可以说，这三个月是收获最多的时间。

实际上，自学了一些生信，老板和我谈课题的时候谈论的更加细致了，因为他以前基本不和我讨论任何关于生信分析的东西，他知道谈了我也听不懂。但是在work from home的后期，老板得知我一直在自学生信，后来在讨论课题的时候就会涉及到一些分析的东西了，甚至有时候他会主动给我讲解一些软件的用途、好的在线分析网站也会和我分享。

被人质疑

不止一个人对我说过，你一个做实验的学什么生信，这些分析就交给那些专业人士就好了~（这话我以前经常说，还经常用这句话反驳建议我学生信的“王院长”）这话没错，毕竟术业有专攻。但是如果你发现你身边同样都是做实验的同学居然还会敲敲代码，分析数据，你会感到压力山大。那种危机感和紧迫感，迫使你不得不去学习赶上他们。另外，如果有同学即将博士毕业想出国做博后的，一定关注过一些招聘网站。在我毕业那一年的时候，招聘里很少要求会生信分析，除非他们招的就是生信分析岗位。而现在你再打开那些网站，我不敢说全部，起码80%以上的湿实验博后岗位，在招聘要求里都会注明最好会生信分析/或者是会生信的很加分，来感受一下吧：

所以不要再说什么“我是做实验的，生信跟我没关系”这种话（虽然这话我以前也经常说），也不要再嘲笑别人为什么闲的没事学生信了（实际上不是闲的没事，没准儿人家很忙的~）。机会是留给有准备的人的，如果当有一天，一个很好的工作机会摆在你面前，而你却没有能力抓住它的时候，后悔也来不及了。所以，你可以暂时不用它，但是你不能不会它，就是这个道理。

万事开头难

学习生信一年多一点的时间，我只能说我刚刚摸到了生信的边儿，可能连“只是懂些皮毛而已”也算不上，因为从来没有报个班系统的去学，很多原理也不懂，只是跑跑流程而已。有时候评论里的留言和问题，也实在不敢盲目去回答，但是不得不说，其中不乏一些很好的问题。但是出于不“误人子弟”的想法，我也只挑了其中一部分进行回答。有的留言里还很尊敬的称呼我“老师”，我实在不是什么老师，只是个自学生信的30出头大龄未婚实验室打工仔。但是大部分小伙伴们提的一些问题让人不知道怎么回答（或者说，你可以自己解决），这里我需要说明的是，我发表的学习笔记里所有的代码，每一行都是我自己运行过的，图也都是我运行后生成的，所以如果有些小伙伴按照我的代码运行报错，还请仔细检查一下你的代码是否真的正确，你的文件格式是否正确，毕竟对于我们这种初学者来说，99.9%的报错在网上都可以搜索到解决方法。当然我也很理解报错时的恼火，因为我也经常按照网上的各种教程来练习，不得不说你真的无法100%相信别人的代码，因为别人的代码在别人的电脑上运行没问题，不代表在你的电脑上也没问题。由于软件版本或者各种原因，别人的代码报错了简直太正常了。刚开始的时候，我也会向“王院长”抱怨为什么网上的代码会有错，“王院长”说那不是别人的问题，是你自己的问题，别人没有义务向你保证那些代码100%正确，你的纠错过程，才是你的学习过程。

另外，我在刚开始学习的时候，也会犯一个毛病，就是无论是什么报错，首先第一时间去问王院长：“这个怎么报错了呀！这是怎么回事啊？”王院长回复我的永远都是：“自己去百度，去google。”起初我很恼火，我自己查半天的事情你一句话解决了，不是节省我很多时间嘛？后来慢慢的我才明白，学习生信，不是敲几行代码，不是跑跑流程，不是ctrl+C和ctrl+V的事情，更重要的是学会“如何在众多的资料里找到解决方法”。事实上，我们从小学读到博士毕业，最后能保留在你脑子里的东西，不是哪一首诗词，不是哪一个公式，而是你的学习能力。这个过程很痛苦，但是每当你自己通过努力，解决了一个小问题的时候，你会非常有成就感。再后来，遇到问题，我第一时间不再找王院长了，学会了怎么关键词搜索，解决了很多小问题。

学习的路是漫长而艰辛的，为了自己的以后增加筹码，你永远不知道，机会在什么时候向你敞开大门。刚开始决定学习的那一刻，是痛苦的。因为有畏难情绪在作祟。还没有开始，就已经被自己想象的困难打倒了。“开始做”，是唯一可以消除恐惧的方法。所以，别轻易认输，别总对自己说没有办法。

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絮叨了好多，不bb了。最后，非常感谢这一年多来关注我的小伙伴们~你们是我的动力，也是支持我继续坚持学习的能量来源。我会继续学习生信，继续分享所有我觉得值得分享的东西。送给你们一句我的座右铭：

努力去做，别辜负生命的另一种可能。

看到最后的小伙伴当然有surprise奖励了~

分享一些我自己在最初学生信的时候看的启蒙教程，和一些刚刚收集还没有来得及看的经典生信好书，供和我一样的小白学习（都是免费的哦，因为知道大部分小伙伴都是学生，没什么积蓄。想要的小伙伴可以简信给我，发给你们百度网盘链接和提取码（原来链接本来是有的，被简书锁定了，没法发布，所以请直接联系我）。