学习目的：用linux安装软件
1. 了解conda
- conda是linux环境下的软件下载器，就相当于我们的app store。可以满足我们的日常软件的下载使用需求。
- miniconda windows 64位安装包大小为51.4 Mb，只包含了conda、python、和一些必备的软件工具
- anaconda windows 64位安装包大小为462 Mb，是miniconda的扩展，包含了数据科学和机器学习要用到的很多软件。
2. 安装miniconda的操作步骤
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找到conda的镜像网站
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找到miniconda的下载地址
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我们看到linux系统下的miniconda有两种版本：64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
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接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
- 将脚本保存下来
wget + 你复制的网址
正在保存miniconda脚本
sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。 -
安装miniconda
bash +你保存的脚本
正在安装miniconda
安装成功 -
激活miniconda
source ~/.bashrc
未激活会报错 激活后能运行了
3. 添加镜像内容
- 什么是镜像？
所谓镜像，就是从主站把所有内容复制到镜像站。任何人愿意都可以复制到自己的电脑/服务器，生成一个镜像。一些主要的镜像被收录在镜像页，方便大家查找离自己近的镜像下载。很多国家都有本地的CRAN镜像，很多国家（比如中国）有很多CRAN镜像。（CRAN全称Comprehensive R Archive Network，主站在澳大利亚。 -
添加镜像
添加镜像的代码
4. 使用conda
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查看当前所有软件列表 conda list
软件列表（部分） -
在conda内搜索软件：conda search ###
conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
正在搜索 - 安装软件：安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -
安装成功
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卸载软件 conda remove fastqc -y
卸载软件
5. conda环境
- 什么是conda environment?
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？办法就是分身,按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
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conda info --envs :查看当前的conda环境
带星号的是默认环境 -
实战：处理转录组数据环境处理
1）建立一个RNAseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
2）查看环境
3）激活rnaseq环境：conda activate rna-seq
