Windows下sratoolkit下载NCBI数据

参考:https://blog.csdn.net/zx_zhang01/article/details/120222212

  1. NCBI下载sratoolkit
    https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
    下载后直接解压就好,我直接放在E盘根目录下。

  2. 配置系统环境变量
    快捷键win+R,输入sysdm.cpl,打开配置path,点击环境变量,再点击系统变量的path,点击新建,把你存放sratoolkit的路径复制黏贴加上去,最后点击确定。

  3. 测试(配置)
    快捷键win+R,输入cmd打开命令行,输入E:,进入E盘,再cd 文件名,进入存放sratoolkit的目录
    输入bin\prefetch.exe -h,可以查看prefetch是否正常运行,我一开始是报错的,显示要我配置。
    输入vdb-config --interactive,出现配置界面,Tab和Enter操作,一定要配置资源存放位置,Aws下的report cloud instance identity前打X。两次Esc退出
    运行bin\prefetch.exe -h,显示帮助信息,就是安装成功。

image.png
  1. 下载
    从ncbi的sra数据库搜索想要的序列号
    bin\prefetch SRRxxxxxx
    等待下载完成就好
    如果下载数据量过大
    bin\prefetch --max-size 50G(比你的数据大一些)SRRxxxxxx

  2. 格式转换
    双端(生成-1-2两个文件)
    bin\fastq-dump --split-3 --gzip SRRxxxxxx
    单端
    bin\fastq-dump --gzip SRRxxxxxx

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