桓玄本性苛刻琐细，登基为帝后更是喜欢自夸自大。主事的人上奏时，偶尔有一个字的错误或是一句话不对，他一定要加以纠正，以表现他的聪明。尚书回答诏书误把“春蒐”写成了“春菟”，从左丞相王纳之以下，凡是盖过章的，都被降职免官。

他朝纲大事不抓，总是揪住小事不放，指派官吏随心所欲，诏令混乱，朝令夕改，结果事事无成，致使朝野失望，又骄奢荒淫，游猎无度，通宵玩乐，百姓苦不堪言，民心思变。

毛宝的孙子毛璩，就是在淝水之战中将前秦军队追赶得风声鹤唳的将领，后来因战功被任命为益州刺史，镇守巴蜀之地。桓玄派使者去给毛璩加官为散骑常侍、左将军。毛璩拘留了桓玄的使者，不接受他的任命。

桓玄任命桓希为梁州刺史，分别命令众将驻守三巴（巴郡、巴东、巴西的合称）以防卫毛璩。毛璩向远近发布檄文，列举桓玄的罪状，又派部将击败了桓希等人，率军进驻白帝城。

刘裕审时度势，暂投桓玄以行韬晦之策，他跟随徐、兖二州刺史桓修入朝，桓玄对王谧说：“刘裕的风采与常人不同，大概是人中的豪杰。”每次游览集会，一定很殷勤地接待，赠送的赏赐也很优厚。

桓玄的妻子刘氏，很有智慧，能识人，她多次对桓玄说：“刘裕龙行虎步，高瞻远瞩，不同凡人，恐怕不会久居于人下，不如早一点把他除掉。”

桓玄却认为她是妇人之见，不以为然地说：“我正要平定中原，没有刘裕，就没有可用之人，等到关、河平定之后再商议此事吧。”

刘裕和何无忌同船回到京口，暗中商议如何复兴晋朝的王室。刘迈的弟弟刘毅家在京口，也来找何无忌商量如何讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏力量强，能够有办法吗？”

刘毅说：“天下自有强弱，如果是失去正道，即使力量很强，也很容易就衰弱，只是担心举事的首领难寻罢了！”

何无忌故意说：“天下之中，并不是没有英雄啊！”

刘毅说：“我所见的人当中，只有刘裕可以当做首领。”何无忌笑而不答，回去告诉刘裕，于是和刘毅决定共同起事。

青州主簿孟昶到京城汇报工作，桓玄很欣赏他的才华，对刘迈说：“我今天得到了一个尚书郎，你和他是同乡，以前认识吗？”

刘迈平时就与孟昶关系不和，回答说：“臣在京口的时候，没有听说孟昶有什么特别的才能，只听说他们父子写诗互相赠送。”桓玄听了大笑，没有再跟孟昶提升官的事情。

孟昶很生气，回到京口后碰到了刘裕，刘裕说：“天下当有英雄兴起，你听说过吗？”孟昶说：“当今的英雄有谁呢，说的是你自己吧！”于是刘裕、刘毅、何无忌、孟昶、王元德兄弟、诸葛长民等人决定互相联合起兵。

刘裕的异母弟弟刘道规是桓弘的参军，刘裕安排由刘毅和刘道规、孟昶会合，一同杀死桓弘，占据广陵；诸葛长民是刁逵的参军，由他杀死刁逵，占据历阳；王元德等人在建康，由他们联合群众攻打桓玄作为内应，大家约定好了日期，决定一同发动。

孟昶的妻子周氏很有钱，孟昶对她说：“刘迈在桓玄面前污蔑我，使我一生低微，我决心造反。你最好早一点和我断绝夫妻关系，免得牵连到你。如果将来我得了富贵，再来迎娶你也不迟。”

周氏说：“你的父母都还健在，想要建功立业，那是我这个女人能阻止的呢！如果事情没有成功，我也应当在家中奉养公婆，哪里有回娘家的道理。”

孟昶郁郁寡欢地坐了很久才站起来，周氏追上孟昶，让他坐下来，说：“我看你的所为，不是来和我商议的，不过是想要财物罢了。”又指着怀中的孩子说：“这个孩子如果能够卖钱，我也不可惜。”于是把家中所有的钱财全部都给了他。

孟昶的弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏忽悠她说：“我昨天晚上做了一个梦，极为不详，门内红色的东西应该全部拿下来做为压鬼的东西。”她堂妹相信她的话，把所有的红布都给她，于是全部缝制做为军士的战袍。

何无忌晚上偷偷地在屏风里写檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，爬上凳子暗中偷看，哭着说：“我与东海吕母相比差太远了，你能这么做，我又有什么遗憾呢！”又问和他同谋的是哪些人，何无忌说：“是刘裕。”他的母亲十分高兴，说桓玄肯定会失败，他们起事一定会成功。

公元404年二月，刘裕以打猎为名，聚集北府兵残余兵将一千七百余人，在京口举兵起义，何无忌带领众人入城斩杀桓修示众。

桓玄的司马刁弘率领文武前来赴难，刘裕登上城楼，对他们说：“郭昶之已经奉迎天子到寻阳返归正位，我们都收到密诏，诛灭叛逆的贼党，今天贼党的首领桓玄的首级已经悬挂在了建康的城头，各位难道不是大晋的臣子吗，今天要来做什么呢？”刁弘等人相信了他的话，召回众人回去了。

刘裕问何无忌说：“现在急需一名主簿，如何才能得到呢？”何无忌说：“没有比刘穆之更适合的人了。”刘裕笑着说：“我也认识他。”立即派信使去召请他。

当时刘穆之早晨刚刚起床，听到京口吵闹的声音，走到街头观看，正巧和使者会面。刘穆之注视着使者，许久都不讲话，然后返回屋子，把衣服撕破做成戎服，前往和刘裕会面。

刘裕说：“我们刚刚开始发动，起事之初，困难重重，急着需要一名军吏，你看谁是最合适的人选呢？”

刘穆之说：“贵府刚刚建立，军吏实在需要很有才干，仓促之间，大概没有谁比得过我的。”

刘裕哈哈大笑地说：“你能够自己屈就，我的大事就成功了。”立刻任命他为主簿。

孟昶劝桓弘当天出去打猎，天还没亮，打开城门让打猎的人出城。孟昶和刘毅、刘道规带领数十名壮士直接入城，桓弘正在吃早饭，立即把他杀了，然后带领众人渡江，刘裕又派刘毅去杀刁弘。

起初，刘裕曾派周安穆到建康去报告刘毅的哥哥刘迈共同起兵，刘迈虽然表面答应，心里非常惶恐不安。周安穆担心消息外泄，于是匆匆告辞离去。

桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈急着去赴任。晚间时分，桓玄给刘迈写信说：“北府的人心怎么样？你最近看见刘裕，他说了些什么话没有？”

刘迈大惊失色，以为桓玄已经知道了他们的计划，早晨起来之后，就把所有的计划全都告诉了桓玄。桓玄又惊又怒，先是封刘迈为重安侯。后来又嫌恶刘迈不抓住周安穆，于是把刘迈和潜伏在建康准备一同起事的王元德等人全部抓住处死。