《工程质量保证金管理办法》第6条规定意在限制施工过程中支付进度款时，发包人不得同时扣留履约保证金和工程质量保证金，但合同签订时约定履约保证金、验收合格后最终结算时扣留工程质量保证金的，并不违反《工程质量保证金管理办法》的规定。简而言之，施工过程中由履约保证金担保，竣工验收合格后由工程质量保证金保修。
履约保证金是施工合同签订时双方协商一致设立的，担保期限自履约保证金交付之日起至工程项目竣工验收之日止；工程质量保证金是由发包人自行决定预留的，保修期限自工程实际竣工验收合格之日起算，期限视工程类别而定，通常为2年。
