#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use File::Basename;
open (OUT, ">text.file")|| die "can not open the text.file\n";
my %data;
my @files = glob "*.vcf";
for my $file (@files) {
my $file_name = basename ($file);
print "$file_name\n";
open my $fh, '<', $file or die $!;
while (<$fh>) {
next if /^\s*$/;
next if /^gene_number/;
next if /^#/;
$_ =~s/[\n\r]//g;
my @array = split/\t/,$_;
my ($num, $pos, $snp) =($array[0],$array[1],$array[3]."|".$array[4]);
print "$num\t$pos\t$snp\n";
chomp;
#my ($num, $pos, $snp) = split;
$data{$num}{$pos}{$file_name} = $snp;
}
close $fh;
}
print OUT"reference\tposition";
for my $file (sort @files) {
my $file_name = basename ($file);
my @new_file_name=split/_/,$file_name;
print OUT"\t$new_file_name[0]";
}
print OUT"\n";
for my $num (sort keys %data) {
for my $pos (sort keys %{$data{$num}}) {
print OUT"$num\t$pos";
for my $file (sort @files) {
my $file_name = basename ($file);
if (exists $data{$num}{$pos}{$file_name})
{
print OUT"\t$data{$num}{$pos}{$file_name}";
} else
{
print OUT"\t.";
}
}
print OUT"\n";
}
}
批量处理
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