R包发布在CRAN上

我最近开发的一个R包被CRAN接收了，发布在：https://cran.rstudio.com/web/packages/chromseq/index.html

主要参考的文章：R package: https://r-pkgs.org/index.html

实际上是很简单的一个R包，可以实现分割含不同染色体序列的fasta文件，函数也不多，就5个，代码也不复杂。

写R包的初衷，可能还是自己一个比较大胆的想法吧，希望可以利用现有的工具做点东西出来。当时刚好参考了大神在公众号发布的文章：https://mp.weixin.qq.com/s/loKVJJPxGyRWYOF3pYDOdw

然后自己尝试用R写了一遍，发现没有想象中的那么简单（当然我自己水平有限，还没有能力一下子写高效的c），然后顺便写了几个可以用来处理fasta和list的相对通用的函数，最后整合在一起。

接下来谈谈我写这个包的经验：

先是对R包有个自动审核，一般是可以先用check函数初步检查，没有问题再用check_rhub()检查。注意：check检查没有问题不代表真的没有问题，必须经过check_rhub()检查没有问题才算。不然可能还会被CRAN检查出ERROR，像下面这样：

error_fix.jpg

CRAN对于R包的自动审核尤其严格，一丁点错误都不能有！除了会严格检查你给函数写的example运行实例，还会检查一切你给函数、data写的文档，比如给data写的文档像下面这样：

#' Prices of 50,000 round cut diamonds.
#'
#' A dataset containing the prices and other attributes of almost 54,000
#' diamonds.
#'
#' @format A data frame with 53940 rows and 10 variables:
#' \describe{
#'   \item{price}{price, in US dollars}
#'   \item{carat}{weight of the diamond, in carats}
#'   ...
#' }
#' @source \url{http://www.diamondse.info/}
"diamonds"

我建议像我一样的R包开发新手，可以先参考别人在Github上发布的R包的结构，心中有数，再跟着 https://r-pkgs.org/index.html里的步骤走一步看一步，前面的几章内容非常重要，中间的可以选择性看，最后的关于check和release最为重要，因为它决定了你的包的质量和成功发表的可能。

自动审核不通过永远是R包开发里面最痛苦的，我被拒了n多次：

R_hub.jpg

文档都要写详细的引用和description，代码加注释，Git应用和Github管理，仔仔细细检查报错信息，一般代码写错都是error，没写文档就是warning。note相对轻微，可能只是拼写、格式上的问题，不过要发布到CRAN上最好尽可能去除一切note。

另外，自动审核是会对你的包在不同平台上进行测试的，如果在windows上没问题，在linux上、macOS上可能会有问题，比如文件路径里的分隔符，一定要避免直接出现在代码里。

虽然我这个R包非常简单，但至少实现了我从0到1的跨越，敢于尝试总是好的，希望大家都能根据自己的需求，开发出自己的R包，并能成功被CRAN接收。

接下来我考虑shiny的应用以及bionconductor上发布包的要求，继续做新的东西。