按我前面文章继续反思:如何才能入门生信?中提到的学习方案执行。
总的方案:
孟老师推荐关于最后一部分的四大切入点,最后是把几个不同的Seq的过程细节都了解一下。
第一部分:linux学习
北大罗老师linux 10大常用命令
北大罗老师 Unix 10大专用命令
北大罗老师 Unix 10大实用命令
只看这三个当然还是不够的,只用30个命令是薄发,没有厚积,薄发也是发不溜的。这里的话需要升级则是可以看《鸟哥的Linux私房菜:基础篇》,当然还可以去看他的视频,一般我在油管看,其他平台有没有我还没查看过。
第二部分:测序基础(我把统计学部分放到后面了)
陈巍学基因视频学习笔记--视频1:Illumina测序化学原理
陈巍学基因视频学习笔记--视频7:RNA-seq方法和应用
陈巍学基因视频学习笔记--视频8:外显子测序
陈巍学基因视频学习笔记--视频9:small RNA-seq
陈巍学基因视频学习笔记--视频10:单细胞DNA测序
陈巍学基因视频学习笔记--视频11:单细胞mRNA测序
测序基础这部分,我之前看过一些视频也做过一些笔记,因此我就勉强给自己过了。在储备不够的时候,还需要再多多补充细节和复习。
第三部分:实战训练
一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq(一)
一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq(二)QC
一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq(三)Alignment 比对
一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq(四)featureCounts
我目前只更新了上游分析,下游由于涉及到R语言以及绘图等等,复杂得多,因此需要慢慢学习。R语言部分,我在早期的时候依据果子老师的500行代码进行了学习和注释,但是由于练习不多,还不够熟练。R语言的学习笔记可太多了,并没有放到简书上来。可以看以下几本书:
第四部分:统计学部分
由于事先我完全就没有在统计学上下过功夫,现在就只是整理一下我看孟老师课程的资料,整理出学习计划来。
先看《概率论和数理统计》+《医学统计学》这是我上大学的时候的课本,学习重点如下(这是我目前学习统计的方向和方案):
其他进阶的我并没有列上,感兴趣请去B站看教学视频~