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SPM
SPM用于脑成像数据序列分析，序列可以是来自不同队列的一系列图像，也可以是来自同一被试的时间序列。这里可用于EEG与fMRI的数据预处理；基于EEG信息的fMRI分析(广义线性模型)；EEG或fMRI数据的组分析；动态因果模型等。
网址：www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm
Fieldtrip
Fieldtrip是一款用于脑磁图、脑电图和有创电生理数据高级分析的开源软件，该软件是在MATLAB工具箱中实现的，包括简单和高级分析的算法，如使用多锥的时频分析，使用偶极子的源重构，连接性分析等等。而且用户和开发人员可以很容易地扩展其功能并实现新的算法。这里可用于EEG正演/传递矩阵的计算；其他格式生物电数据的导入等。
网址：https://www.fieldtriptoolbox.org/download/
EEGLAB / FMRLAB
EEGLAB/FMRLAB可进行独立成分分析(ICA)；等效偶极子定位(fMRI激活可为种子节点)；EEG时频分析；单次实验信号分析；事件相关电位统计。
网址：https://sccn.ucsd.edu/eeglab/downloadtoolbox.php
（用EEGLAB分析ERP数据的详细教程，感兴趣的小伙伴们可以点进去看看：ERPLAB脑电数据分析教程）
网址：https://sccn.ucsd.edu/fmrlab/index.html
GIFT / EEGIFT / FIT
用于EEG-fMRI在特征层的融合；对fMRI或EEG 进行分组ICA；联合ICA(joint ICA)与并行ICA(parallel ICA)；fMRI与DTI融合；fMRI与基因信息融合；独立成分的显示、排序、事件平均。
网址：http://icatb.sourceforge.net
fMRIB / BERGEN
fMRIB/BERGEN可用于同步EEG-fMRI采集的EEG信号中梯度伪迹和心电伪迹的去除。
网址：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
网址：http://fmri.uib.no/tools/bergen_plugin.htm
Brainstorm
Brainstorm可用于EEG电极在真实头模型的配准；EEG正演与反演；脑电磁信号可视化与分析工具箱；经典的EEG源成像方法：如加权最小模解、MUSIC、LCMV等。
网址：https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/
Anatomist BrainVISA
Anatomist BrainVISA可用于EEG正演模型构造，EEG正演的边界元法；MRI图像分割；弥散张量成像数据分析等。
网址：www.brainvisa.info
