small RNA学习（七）：小RNA的靶基因预测

用到的软件是TargetFinder，软件的具体安装见：https://github.com/carringtonlab/TargetFinder。它依赖于fasta-35。

The FASTA package - protein and DNA sequence similarity searching and alignment programs，下载链接：http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta33-35/
。下载解压之后，fasta-35版本的安装看README文件

To make the standard FASTA programs:
   cd src
   make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all
The executable programs will then be found in ../bin

注意TargetFinder只能用fasta-35，虽然github上面有fasta36: https://github.com/wrpearson/fasta36

如何使用？

举个栗子

targetfinder_threads.pl -f sRNA.fa -d ~/ref/Aegilops_tauschii.Aet_v4.0.cds.all.fa -t 8 -p gff -o tmp.predicted_targets3.txt
#-f: fasta格式的小RNA序列文件
#-d: 候选序列，此处是cds序列
#-t: 设置线程
#-p: 设置输出格式，还有：classic、table等
#-o: 输出结果文件
less tmp.predicted_targets3.txt | grep "^No" -v | sort -k1,1 | less > predicted_targets3.txt
rm -f tmp.predicted_targets3.txt

此外还有两个参数：-c和-r。-c表示预测分值，默认是4，越小越好。-r就比较纠结了。
我目前的认识是这样的：
如果候选序列为带有正负链信息的cds序列，比如

#由bedtools提取，且用到gff的第七列
>chr1D:206957121-206957331(+)
>chr1D:206957148-206957331(+)

再比如

>AET4Gv20696400.3 cds chromosome:Aet_v4.0:4D:462202382:462208036:-1 gene:AET4Gv20696400 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding

关于-r参数，加不加有很大区别：不加只在本链上查找结合位点；加了后还会在本链的互补链上查找。应该是不加的！

然而，如果你的候选序列是从参考基因组上直接截下来的，不带有任何正负链信息，则必须加上-r，如果不加则不会得到任何结果。这时如果想同时预测候选序列的本链和互补链该怎么办呢？我的解决办法是先用软件（seqkit）求出候选序列的反向互补序列，再添加到原来的候选序列文件中，运行时参数-r也加上。

结果

AET0Gv20018300.5_cds_supercontig:Aet_v4.0:jcf7190000000435:20646:21465:1        targetfinder    rna_target      596     612     4       +       .       smallRNA=6;target_seq=GGGAGAG-AGAGGAUUGA;base_pairs=:: :::: ::::::.:::;miR_seq=CCAUCUCGUCUCCUGACU
AET0Gv20026400.1_cds_supercontig:Aet_v4.0:jcf7190000000724:142215:142925:-1     targetfinder    rna_target      66      82      4       +       .       smallRNA=7;target_seq=GCAAAGG-UAUCUCGGCG;base_pairs=:::: :: ::::::::: ;miR_seq=CGUUGCCUAUAGAGCCGA

网页版工具

其实预测植物小RNA靶标的软件和网站挺多的，我还用过一款网页工具，叫psRNATarget，体验不错。

我的疑惑

用了一些软件和网站后，发现不同工具预测出来的靶基因交集很少，不知道该信哪个。之前还看过一篇评估不同预测软件的软文(https://mp.weixin.qq.com/s/o53imDFTZIELy6Z2--Gg5w)，看完更是不知所措，似乎每个预测软件的效果都不太好，真阳性率很低。
或许正是因为这个原因，才需要做降解组吧~

最后编辑于：2019.12.19 21:07:17