跨越时代的非凡作品，难以逾越的经典。这部95年便上映了的神作，把动画的内涵和深度推向了前所未有的境界，在日本社会掀起被称为“社会现象”程度的巨大回响与冲击。但是由于晦涩难懂，所以想写一篇文章科普一下，看完以后，大家就知道EVA到底在说什么啦！
最早的地球，是由星尘凝聚成的球体，虽然从冰陨石中获得了水分，却没有孕育出任何活物。直到40亿年前，一个大质量陨石撞上了地球，陨石碎裂开来，从中掉出一个球体，落到了南极，这颗球体名为“白之月”。
“白之月”球体内藏有身高数十尺的生命体“亚当”、朗基奴斯枪和预言着未来的死海文书。亚当作为生命之树，孕育出了14个（3-17）具有生命果实的使徒（体能满级智伤为0），并把他们送到了世界各地。
正当使徒们即将展开活动时，发生了“第一次冲击”——又有一颗陨石冲撞了地球，巨大的冲击力导致亚当和使徒们都进入了休眠状态，停止了活动。这个陨石呢，被地球弹开后成为了月亮。并且也有一颗球体掉在了地球上，落到了未来会成为日本的地方，这颗名为“黑之月”的球体内藏着名为“莉莉丝”的巨大生命体。
从莉莉丝体内溢出了名为LCL的液体（生命之水），不断溢出的LCL最终遍布全地球，形成了生命之海，经过几十亿年的变迁，从生命之海中诞生了各种生物：恐龙啊，飞禽走兽啊等等，慢慢的也繁衍出了人类。人类虽然没有生命果实，却具有智慧果实（体能为0智伤满级）。简而言之，亚当孕育了使徒，莉莉孕育了人类。
随着历史的发展，人类社会诞生了名为“SEELE”的神秘组织，幕后操纵着NERV的迷之巨大组织，NERV的金主。早在“第二次浩劫”之前就已存在，触手遍及世界各地，甚至可以干涉联合国事务。
Seele的高级成员一般并不直接露面， 都是以声音的形式出现的，其数目加上人类补完委员会的成员共计12名，中心人物是基路议长。本部所在位置不明。SEELE和NERV的关系，就是灵魂与神经，适格者与插入栓的关系。
西元19XX年，SEELE找到了死海文书，里面记载了亚当和朗基奴斯枪使用方法，并且预言了在不久的将来，使徒们会从休眠中醒来活动，而使徒一旦和亚当接触，便会引发人类灭亡的“第三次冲击”
SEELE找遍去世界，终于在南极大陆的冰层下找到了“白之月”，并且首次和亚当进行了接触。为了阻止未来使徒和亚当接触，使人类灭亡。SEELE觉得只要将亚当回复成了卵的状态，藏起来，不让使徒发现就可以了。
于是SEELE依靠“白之月”这个巨大空间建立了南极地下基地，使用朗基奴斯枪和人类的基因对存在于白之月之中的亚当进行科学试验，最终亚当暴走大爆炸。引发了第二次冲击。
全球人口减半，南极冰块全部溶解，全世界海平面上升，全球变暖；地轴也发生了位移，日本的季节从一年四季，变为了全年夏天。
第二次冲击后的亚当身体变为一块块肉片，和灵魂分离。之后肉体和灵魂都别回收利用。亚当的灵魂被赋予了人类的肉体——以渚薰登场。
肉片被回复至胎儿状态，最终移植到了碇源堂右手上。
之后SEELE又在日本地下发现了黑之月，以及其中的莉莉丝。于是SEELE便制定了战略部署：未来苏醒过来的使徒，发现没有了亚当，可能会察觉到等同于亚当般存在的莉莉丝，使徒一定会找上门来。
SEELE建立专门用来迎击使徒的要塞都市——第3新东京都市。
并在都市的地底下，打造了NERV的前身：人工进化研究所。
碇源堂当上了所长，并展开数项计划，其中之一就是“亚当再生计划”简称为“E计划”。为了对抗使徒，拷贝亚当建造出了EVA机体：零号机和二号机。
同时又打造了另一台特殊的机体：拷贝了莉莉丝的初号机。
负责E计划的碇唯亲自乘坐初号机进行实验，结果实验失败，碇唯在实验中消失，灵魂就此残留在了初号机身上。
一周后，碇源堂向SEELE提出了新计划“人类补完计划”，即目的是决定未来人类进化与发展的方向。简单来说就是人们失去个体的存在方式，所有人类失去AT立场的保护化为LCL后融合在一起，离开肉体的灵魂会由莉莉丝聚合。进而成为独一无二的完全生命体。而“人类补完计划”的目的，在Seele和碇源堂却各自不同。
Seele一方的目的简单来说就是“赎罪”，对于Seele实行“人类补完计划”的最终目的，是由老人们根据死海古卷中所记载的内容判断，人类只有通过“放弃个体，互相补完，从而进化为一个新的姿态”这一途径，才能实现进化自身，向神明的“赎罪”的目的。
碇源堂一方的目的则颇为“单纯”，就是再次与亡妻碇唯相见。其途径为，融合亚当的胚胎，再和与莉莉丝本体融合，以达成“亚当与莉莉丝的禁断融合”这一冲击引发的条件，通过绫波丽来实施自己的计划。然后自己成为引导补完的人，成为成为神一般的存在以创造一个符合他理想的世界来“和碇唯重逢”。
然而碇源堂背叛了SEELE，准备了另外的补完计划：把莉莉丝的灵魂注入了碇唯的克隆人绫波丽身上。之后SEELE将“人工进化研究所”解散，创立了特务机关NERV。
2015年，使徒终于袭来！从第二次冲击后经过了15年，人类总算能重新繁荣起来。
EVA已有3台可以实际使用了，也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争开始了。
使徒不断袭来，然后被干掉；EVA不断被破坏，然后被修复，终于将所有使徒都打败后，迎来了最终的目的：实现人类补偿计划，以初号机为媒介，触发了第三次冲击。
最终，莉莉丝把选择的权利交给真嗣：重新创造世界或所有人类融为一体。当所有人的AT立场消失后，人与人之间将不存在隔阂，这种世界正是极其内向与他人总是存在隔阂的真嗣所幻想的。认真地思考后，他终于明白，所有人类融为一体心灵间不存在隔阂虽然很美好但也是很虚幻的一种伪幸福，这是逃避现实懦弱的表现，原来的现实世界虽然痛苦但是更真实。
于是真嗣终止补完计划选择重新创造世界，“不能逃避，敢于面对现实”在结局中达到了最高潮 。
另一方面，失去了脐带能源的二号机，在只有5分钟的活动时间下，和量产EVA机体交战，最后“战死”躯体被瓜分啃食。
最后在母亲的唤醒和感召下，二号机中的明日香理解了人与人之间的A.T.Field的真正含义，凭着强烈的自我意识，使灵魂独立保有自我，没有像其他人一样化为LCL。
当真嗣回到现实世界后，他遇到了同样保有肉体的明日香，他之所以去掐明日香，是因为害怕明日香拒绝自己，所以想掐死她避免自己内心受到伤害，或者也可以说是他在感受别人的肯定与否定，明日香则抚摸了真嗣代表接受他。
至此，真嗣和明日香成为新时代的亚当与夏娃，过上了一言不合就啪啪啪，繁衍人类后代的性福日子。
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