最近遇到了一个售后，客户在使用IGV时遇到问题，我之前也没有用过此软件。现在便把安装过程记录一下。
IGV（The Integrative Genomics Viewer）这是一个在本地电脑上就可以对测序数据进行可视化的工具。
下载与安装：
IGV下载网址：
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download （有Windows，MAC，Linux系统对应的版本）如图1
图1
要求Java版本是8.0的。
安装Java 8.0后，下载Windows版本。右键以管理员身份运行IGV_Win_2.5.3-installer.exe.
双击IGV图标，首次打开会下载human的参考基因组。
可以选择参考基因组。（图2）
图2
也可以从本地以及服务器中导入参考基因组。（如图3）
图3
选择Genomes->Load Genomes From Files 导入本地的基因组fa文件。
- 导入bam
bam文件是经过sort的。File->Load from File。如图4.
图4
bam文件的路径下同时存在bam文件的索引，后缀.bai。如图5.
图5
- 导入gtf文件。
从本地导入gtf文件。gtf需要是经过sort之后的。可以通过IGV自带的工具转换。Tools Run Igvtools。
如图6 选择sort，然后选择gtf文件，点击Run。
图6
**结束后，File **Load from File，选择sort.gtf。载入IGV。
也可以从UCSC网站中下载。
进入UCSC网站：http://genome.ucsc.edu，选择Table Browser 然后点击下载注释文件如图7。
图7
选择想要下载的注释文件，我这里选择的是hg19的gtf文件。如图8
图8
查看bam文件。如图9 。
图9
Tracks：
载入bam文件后会产生3个相关的tracks:
Alignment track :显示每个的reads的比对情况
Coverage track：显示测序深度
Splice Junction Track：跨越剪切位点(spanning splice junctions)的reads视图。
Splice Junction Track 可以通过设置，使其在IGV视图中展示或者隐藏。右键选择Show 或者Hide。
图10
Coverage Track：
默认情况下，IGV动态计算并显示比对文件的默认覆盖率。当IGV被放大到比对的reads可见性阈值(默认为30 KB)时，覆盖率跟踪将显示每个track的读取深度，显示为灰色条形图。如果reads中某核苷酸与参考序列超过20%不一致时，IGV会根据每个碱基的读计数(A, C, G, T)对条形图进行着色。
图11
Insertions
IGV用紫色I()或红色I表示Insertions，将鼠标悬停在插入符号上以查看插入的碱基。如图11示：表示4个碱基插入。
图12
下图表示该位点有可能是SNP突变：
图13
黑色横线表示有缺失：横线上的数字表示缺失碱基的个数。
图14
Splice Junction Track：
Junction 来自于正链用红色表示，来自于负链使用蓝色表示。
图15
更多详细信息见：
http://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide
参考资料：
