这本书讲的是一个真实的故事，故事发生在第二次世界大战结束前的东京。
小豆豆之前是一个令老师头痛的孩子，因为觉得学校书桌很特别，而把书桌的盖子开了关，关了开，足有上百次。上课的时候，站在窗户边上，为了和宣传艺人打招呼；大声的自言自语的和燕子说话；美术课的时候，用黄色的蜡笔画穗子，穗子漫过了绘图纸，把纸拿开以后，桌子上留下的黄色锯齿痕怎么擦都擦不掉。这样的小豆豆，不仅让自己的老师感到麻烦，而且让隔壁班的老师也受到干扰。
为此小豆豆妈妈给小豆豆四处找学校，找一所理解孩子性格的学校，能让小豆豆能够和孩子们一起学习。
就这样，小豆豆妈妈带小豆豆来到了巴学园———用电车做教室，充满奇妙的地方。
小豆豆看到这一切不由得感到很兴奋，这样特别的教室在她看来是非常好玩的，对新的学校充满了好奇，尤其是在小豆豆单独和小林校长聊了4个小时之后，小豆豆越来越喜欢这位和蔼可亲的校长先生了，希望永远和小林校长在一起。
在参观学校时，她知道全校的学生总共加起来只有50多个，吃饭的时候，学生大声说着话笑着，非常热闹。小豆豆虽然觉得很奇怪、但是确也觉得非常特别和有趣。
对于第一天上学的小豆豆，没等人喊，自己起来换好衣服，背上书包等家人起床，这和以前喜欢赖床的小豆豆相比简直太不可思议了。总之新学校的一切都让小豆豆期待。
小豆豆在巴学园度过了一段快乐的时光，有趣的运动会；山的味道，海的味道，特殊的午餐时光；以及运动会，野炊，温泉旅行等等各种有趣的活动。巴学园的欢乐时光也让小豆豆以后的人生变得不一样。我们在这本书中，多多少少都可以看到自己童年的影子。
巴学园是一所自由的学校，孩子们可以自由选择所喜欢的科目开始上课，放学前完成所有科目即可。这样上课，随着孩子们年级的升高，老师们能够逐渐掌握孩子的兴趣，在了解学生情况下达到因材施教。后来彻子回忆道，小林先生常说：“无论哪个孩子，当他出世的时候，都具有优良的品质。在他成长的过程中，会受到很多影响，有来自周围环境的影响，也有来自成年人的影响，这些优良的品质可能会受到损害。所以，我们要早早地发现这些品质，并让他们发扬光大，把孩子们培养成富有个性的人。”小林先生也非常热爱大自然，希望孩子们尽可能地保持自然的性格。正是由于小林先生的教育理念，而使得巴学园的不同，越来越多的像小豆豆这样的学生，能够发掘自己的特点。在巴学园氛围下能够健康向上的成长，相对于传统意义上的学校，巴学园给孩子提供的自由，温暖，尊重是能够让所有孩子感到幸福的。
做为教育者要真正热爱孩子、信赖孩子，并且对之充满热情。
就像小林先生经常说的一句话，你们大家都是一样的，无论做什么事情，大家都是一样的。
