1.碱裂解法提取质粒DNA
碱裂解法提取质粒DNA主要是利用质粒DNA本身属于双链环状结构,在强碱的作用下变性后,中和即可复性,迅速准确的恢复,而染色体DNA就不可以,以此分离。
一个实验,原理和步骤可以很简单的写下来,但是真正有难度的是理解每种试剂的作用,尤其是混合溶液,比如本实验中,在用酸进行中和后,为什么要再次用酚、氯仿、异戊醇再次进行抽提,以及为什么要用酚、氯仿、异戊醇,可以用其他的有机试剂代替吗? 那么他们分别有什么作用呢,为什么要混合使用,不分开使用呢?
再次用他们抽提的原因是sds与钾离子产生的沉淀,并不能完全沉淀所有的蛋白质,有的蛋白质需要再次用有机溶液沉淀,酚是起主要作用,若仅加酚溶液,在密度大的盐溶液中,酚就会在溶液上层,不利于质粒的提取,氯仿可加大酚、氯仿的密度,其次酚的水溶性较大,与上清液抽提时,有些酚会跑到上清液中,氯仿的加入可以使有机相和水相完整的分离开,而异戊醇是为了水相与有机相这个界面更清晰。
这是在网络上某个大神总结的建裂解法里说到的,这篇文章还说到,实验,不是看书,而是去做,我想在做实验过程中,一定会遇到各种各样的问题,最终导致结果不正确,这时候,搞清楚每一步的原理,就能对症下药。
另外,这千篇一律的实验中,一定包含某种规律,有严谨的步骤,也有活跃的思维,搞清楚实验设计者的思路,搞清楚每一个实验行为背后的意义,才能够做到不仅仅是读书而已。
2.碱性磷酸酶的Km值和Vmax值的测定
关于这个实验,生物化学书上涉及得也很多,更多的是原理类的,介绍米氏方程,这个实验是直接测量米氏常数,以及Vmax。
影响一个化学反应速度的因素有很多,其中底物浓度就是一个,但是米氏方程只应对与底物只有一个,也就是一级反应(或拟一级反应,即其中另一个反应物过量,其变化可以忽略不计),对于二级反应,两个变量就似乎不能使用米氏方程,但是可以使其中一个反应物过量,使之成为拟一级反应,就可以计算了吧。
这个实验求Km值和Vmax值,就是要把双倒数法的米氏方程来计算,主要是要画一个以浓度为横坐标,反应速率为纵坐标的直线图,求出图中与x轴和y轴的交界点就可以求出Vmax和Km值。
对于酶的实验来说,主要是根据其产物的生成量和时间来求速度,产物的量根据产物的不同性质有不同的检测法,对于可以吸收光的物质来说,可以检测其在某波长下的吸收值,根据值的大小推测某产物的量。
对于实验来说,我们可以先求不同浓度下,反应时间不同的产物的吸光值,先画出以时间为横轴,吸光值为纵轴的图,根据标准曲线,把吸光值换算为浓度,算出某底物浓度下反应的速度,由于在一定底物浓度范围内,化学反应的速率不变的,即可以把这个速度看做瞬时速度,求出不同浓度下的这个速度,即画出以浓度为横坐标,速度为纵坐标的图。
总的来说,整个实验说的轻巧,但是里面很多的细节和更深层次的东西没有搞清楚,不去做实验的话,应该很难吧。
最怕的就是,一个实验看下来什么问题也没有,自以为懂了懂了,所谓的懂,就是最大的不懂。
这个实验中,为什么要用对硝基酚磷酸盐溶液,碱性磷酸酶的作用底物不是对硝基酚磷酸吗,猜测可能是因为对硝基酚磷酸盐更稳定,所谓碱性条件下,到底是ph多少呢?要用碳酸钠-碳酸氢钠调节ph是因为这样的ph更加稳定吗?
3.枯草杆菌蛋白酶活力的测定
这个实验,是枯草杆菌蛋白酶将酪蛋白反应为酪氨酸,酪氨酸再在酚试剂的作用下变成蓝色化合物,可以在680nm处下有最大吸光值。 z
这个实验可以告诉我们,就算一个化学方程的产物本身不能有吸光值或者什么,可以想办法找到另外一个和它一一对应的产物,当然这个道理高中就学了哈哈哈哈。
这个实验的后面,要做对照组,也要做空白组,对照组和样品组只是加的顺序不太一样,一个加样品加酶加终止液,一个是加样品加终止液加酶,这个作为对照组排除了加的试剂本身对实验结果的影响。
空白组就是加仅仅加酚试剂和加碳酸钠,作为分光光光度计的空白管,我感到疑惑的是,为什么? 为什么空白管不是加酚试剂加碳酸钠加三氯乙酸加酶? 今天看的文献里面也有找到最佳的空白管对照的,这个我还以为是把所有其他的不相干的都作为空白管,看来不是。那么是不是因为三氯乙酸本身对吸光值的贡献不大,所以加不加都无所谓,有可能吧。
所谓空白管就是为了测量除了待测样品以外的其他的溶液的吸光值,再对比加了样品后的吸光值,从而得到样品的吸光度,按这个道理,应该是其他的都要加进去才对。
4.文献:中药木瓜中总糖和还原糖的测定
随便找的论文来看,这个论文挺简单,看来写一篇论文并非需要多难,多高深莫测,万事都可探究,这篇论文显示开头先介绍了一下木瓜什有些什么用,在介绍了一下木瓜中的糖什么什么的,多糖减去还原糖的量就是多糖的量,但是她的题目又没有提多糖。测糖用的方法是比色法,但是因为是测的总糖和还原糖这种大类的糖,用的是葡萄糖作为标准曲线,这样,无论如何也只是检测糖含量的大体数量,对于只求大概的实验来说还是可以的。
论文的结论是:在进行还原糖测定的时候,在560nm出测定其吸光值、保温5min、加5ml的DNS可以得到最佳的比色。测定这些数据的依据是在560nm处有最大吸收光值(还有其他因素,但是我没看懂),5min时得到的产物达到峰值,5mlDNS的产物显色最稳定,方法是一系列梯度下,如不同的波长下的吸光值,不同保温时间的产物量,不同量DNS的比色。
后面作者还做了一个精度检测,检测她的仪器 ,做了一个显色稳定性,一个小时内较稳定,总的来说是一个中规中矩的简单的实验,当然我初学者适合这样的论文。
5.文献:不同提取方法对甜茎中总糖和还原糖提取方法的差异,
跟上面那篇差不多,而且实验方法很简单,结论也很简答,也没有仔细看。
今天算完成任务,还想搞搞其他的呢。