本节来解释如何使用rphylopic包给图像添加各种动植物图,rphylopic是一个公开的图像数据库可以免费使用,下面通过一个小例子来介绍如何使用
原文链接:ggplot2优雅的给图象添加图标
加载R包
BiocManager::install("rphylopic")
library(tidyverse)
library(rphylopic)
数据可视化
beaver_plot <- beaver1 %>% rownames_to_column("seq") %>%
mutate(seq=as.numeric(seq)) %>%
ggplot(.,aes(seq,temp,fill="A"))+
geom_point(size=4,pch=21,color="white")+
geom_line(group=1)+
scale_fill_manual(values=c('#56B4E9',"#E69F00"))+
scale_x_continuous(limits=c(0,114),breaks=seq(0,114,20))+
labs(x=NULL,y=NULL)+
theme_classic()+
theme(axis.text=element_text(color="black",size=10),
legend.position="non")
获取物种信息
beaver <- name_search(text = "Ginkgo",options = "namebankID")[[1]]
提取想要的图标的id
name_images到列表中所有可用图标,uid获取第二个图标的id
beaver_id_all <- name_images(uuid = beaver$uid[1])
beaver_id <- name_images(uuid = beaver$uid[1])$same[[2]]$uid
取图标本身
image_data可以获取图标本身,在此我们获取一个256像素的图标
beaver_pic <- image_data(beaver_id, size = 256)[[1]]
将图标添加到绘图中
beaver_plot + add_phylopic(beaver_pic,alpha=1,color="#56B4E9",
x=10,y=37.4,ysize = 10)
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