最近课题需要,要下载几个SRA数据,没想到小小的更新了一下软件,浪费了我大半天时间除bug。因为距离我上一次使用prefetch和aspera下载数据已经有大半年,于是我先把服务器上的prefetch和aspera全部更新到了最新版
conda installsra-tools=2.10.7
conda install-chccaspera-cli=3.9.1
结果当我如往常一样,用下面命令下载数据时
prefetch-tascp-a"/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/bin/ascp|/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"SRR10009433-O~/tmp
诡异的事情发生了:
各种google,百度搜索解决办法,都没有效果,并且我在sra-tools的github issues下发现了这个,perfetch已经不支持aspera下载了,令人绝望。具体参考链接:https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/255
莫非只能用http下载了,不甘心的我继续搜寻,发现似乎可以通过版本回退解决这个问题,于是经过本人的多次尝试,以下版本是可以调用aspera的:
conda installsra-tools=2.9.2
conda install-chccaspera-cli=3.7.6
安装成功后,下载命令如下:
prefetch-tascp-a"/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/bin/ascp|/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"SRR10009433-O~/tmp
折腾了一下午,终于搞定!总结经验,千万不要随随便便更新,有时候旧版本更好用!