Linux下的生信软件安装（转录组）

1 为什么要用conda？

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

你可以理解为Windows上的软件管家，苹果上的Apple store。

Conda 是为 python程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件，是目前最流行的python环境管理工具。

有了它你可以命令行conda install 软件名，是不是so easy？哪个软件没装来一行～

当然如果不能装的话就要另寻他法了，网上搜索一下不香吗？

2 如何安装conda？

生信分析用miniconda就可以了，miniconda只包含最基本的内容——python与conda

# linux下命令行下载miniconda
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
# 安装刚刚下载的Miniconda，bash就是运行.sh文件的意思
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#然后根据提示按enter、yes
source .bashrc  #激活
conda --version ##查看版本号

安装miniconda3

按enter确认安装位置

3 为什么要设置环境？

因为每个组学需要的环境都不一样，需要的软件版本也不一样。

设置不同的conda环境，它的目的就在于分析不同的项目的时，使用的软件是不一样的。并且有的组学分析需要的软件版本也是不一样的。

所以在一开始设置环境的时候就可以设置好，比如转录组RNA-Seq设置一个环境，全基因组设置一个环境

4 如何设置环境？

rna环境的激活与退出

第一步 添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

第二步 创建一个名为rna的环境，并激活该环境

conda  create -n rna  python=2 bwa  ##python=2指版本
conda info --envs  #查看创建的环境
conda activate rna   #激活环境
###source activate rna也是激活名为rna的环境，只是说法不一样而已

第三步 安装相关软件

# 可以用search先进行检索
conda search sratools
## 保证所有的软件都是安装在rna这个环境下面
conda install sra-tools

第四步 拓展小知识

conda install -y salmon  ##加个“-y”可以自动安装
conda install salmon   ##手动回复系统问题

conda半自动安装 =(

第五步 安装完毕之后查看并退出环境

conda list   #查看已安装的包，包括name，version等
conda deactivate  #退出环境

查看已安装的包

5 卸载软件或删除

# 删除全部安装包
conda remove --name/-n wes --all
# 删除某个包
conda activate rna
conda remove multiqc
# 或直接指明name
conda remove -n wes numpy