spark 使用中会遇到的一些问题及解决思路 - xiao_jun_0820的专栏 - 博客频道 - CSDN.NET
http://blog.csdn.net/xiao_jun_0820/article/details/45038205

7 内存溢出问题 在Spark中使用hql方法执行hive语句时，由于其在查询过程中调用的是Hive的获取元数据信息、SQL解析，并且使用Cglib等进行序列化反序列化，中间可能产生较多的class文件，导致JVM中的持久代使用较多，如果配置不当，可能引起类似于如下的OOM问题：
Exception in thread "Thread-2" java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space

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原因是实际使用时，如果用的是JDK1.6版本，Server模式的持久代默认大小是64M，Client模式的持久代默认大小是32M，而Driver端进行SQL处理时，其持久代的使用可能会达到90M，导致OOM溢出，任务失败。
解决方法就是在Spark的conf目录中的spark-defaults.conf里，增加对Driver的JVM配置，因为Driver才负责SQL的解析和元数据获取。配置如下：
spark.driver.extraJavaOptions -XX:PermSize=128M -XX:MaxPermSize=256M

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但是，上述情况是在yarn-cluster模式下出现，yarn-client模式运行时倒是正常的，原来在$SPARK_HOME/bin/spark-class文件中已经设置了持久代大小：
JAVA_OPTS="-XX:MaxPermSize=256m $OUR_JAVA_OPTS"

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当以yarn-client模式运行时，driver就运行在客户端的spark-submit进程中，其JVM参数是取的spark-class文件中的设置，所谓未出现持久代溢出现象。
总结一下Spark中各个角色的JVM参数设置：
(1)Driver的JVM参数：-Xmx，-Xms，如果是yarn-client模式，则默认读取spark-env文件中的SPARK_DRIVER_MEMORY值，-Xmx，-Xms值一样大小；如果是yarn-cluster模式，则读取的是spark-default.conf文件中的spark.driver.extraJavaOptions对应的JVM参数值。PermSize，如果是yarn-client模式，则是默认读取spark-class文件中的JAVA_OPTS="-XX:MaxPermSize=256m $OUR_JAVA_OPTS"值；如果是yarn-cluster模式，读取的是spark-default.conf文件中的spark.driver.extraJavaOptions对应的JVM参数值。GC方式，如果是yarn-client模式，默认读取的是spark-class文件中的JAVA_OPTS；如果是yarn-cluster模式，则读取的是spark-default.conf文件中的spark.driver.extraJavaOptions对应的参数值。以上值最后均可被spark-submit工具中的--driver-java-options参数覆盖。
(2)Executor的JVM参数：-Xmx，-Xms，如果是yarn-client模式，则默认读取spark-env文件中的SPARK_EXECUTOR_MEMORY值，-Xmx，-Xms值一样大小；如果是yarn-cluster模式，则读取的是spark-default.conf文件中的spark.executor.extraJavaOptions对应的JVM参数值。PermSize，两种模式都是读取的是spark-default.conf文件中的spark.executor.extraJavaOptions对应的JVM参数值。GC方式，两种模式都是读取的是spark-default.conf文件中的spark.executor.extraJavaOptions对应的JVM参数值。
(3)Executor数目及所占CPU个数如果是yarn-client模式，Executor数目由spark-env中的SPARK_EXECUTOR_INSTANCES指定，每个实例的数目由SPARK_EXECUTOR_CORES指定；如果是yarn-cluster模式，Executor的数目由spark-submit工具的--num-executors参数指定，默认是2个实例，而每个Executor使用的CPU数目由--executor-cores指定，默认为1核。每个Executor运行时的信息可以通过yarn logs命令查看到，类似于如下：
14/08/13 18:12:59 INFO org.apache.spark.Logging$class.logInfo(Logging.scala:58): Setting up executor with commands: List($JAVA_HOME/bin/java, -server, -XX:OnOutOfMemoryError='kill %p', -Xms1024m -Xmx1024m , -XX:PermSize=256M -XX:MaxPermSize=256M -verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps -XX:+PrintHeapAtGC -Xloggc:/tmp/spark_gc.log, -Djava.io.tmpdir=$PWD/tmp, -Dlog4j.configuration=log4j-spark-container.properties, org.apache.spark.executor.CoarseGrainedExecutorBackend, akka.tcp://spark@sparktest1:41606/user/CoarseGrainedScheduler, 1, sparktest2, 3, 1>, <LOG_DIR>/stdout, 2>, <LOG_DIR>/stderr)

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其中，akka.tcp://spark@sparktest1:41606/user/CoarseGrainedScheduler表示当前的Executor进程所在节点，后面的1表示Executor编号，sparktest2表示ApplicationMaster的host，接着的3表示当前Executor所占用的CPU数目。
8 序列化异常在Spark上执行hive语句的时候，出现类似于如下的异常：
org.apache.spark.SparkDriverExecutionException: Execution error
at org.apache.spark.scheduler.DAGScheduler.handleTaskCompletion(DAGScheduler.scala:849)
at org.apache.spark.scheduler.DAGSchedulerEventProcessActor$anonfun$receive$2.applyOrElse(DAGScheduler.scala:1231)
at akka.actor.ActorCell.receiveMessage(ActorCell.scala:498)
at akka.actor.ActorCell.invoke(ActorCell.scala:456)
at akka.dispatch.Mailbox.processMailbox(Mailbox.scala:237)
at akka.dispatch.Mailbox.run(Mailbox.scala:219)
at akka.dispatch.ForkJoinExecutorConfigurator$AkkaForkJoinTask.exec(AbstractDispatcher.scala:386)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinTask.doExec(ForkJoinTask.java:260)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool$WorkQueue.runTask(ForkJoinPool.java:1339)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool.runWorker(ForkJoinPool.java:1979)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinWorkerThread.run(ForkJoinWorkerThread.java:107)
Caused by: java.lang.ClassCastException: scala.collection.mutable.HashSet cannot be cast to scala.collection.mutable.BitSet
at org.apache.spark.sql.execution.BroadcastNestedLoopJoin$anonfun$7.apply(joins.scala:336)
at org.apache.spark.rdd.RDD$anonfun$19.apply(RDD.scala:813)
at org.apache.spark.rdd.RDD$anonfun$19.apply(RDD.scala:810)
at org.apache.spark.scheduler.JobWaiter.taskSucceeded(JobWaiter.scala:56)
at org.apache.spark.scheduler.DAGScheduler.handleTaskCompletion(DAGScheduler.scala:845)

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排查其前后的日志，发现大都是序列化的东西：
14/08/13 11:10:01 INFO org.apache.spark.Logging$class.logInfo(Logging.scala:58): Serialized task 8.0:3 as 20849 bytes in 0 ms
14/08/13 11:10:01 INFO org.apache.spark.Logging$class.logInfo(Logging.scala:58): Finished TID 813 in 25 ms on sparktest0 (progress: 3/200)

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而在spark-default.conf中，事先设置了序列化方式为Kryo：
spark.serializer org.apache.spark.serializer.KryoSerializer

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根据异常信息，可见是HashSet转为BitSet类型转换失败，Kryo把松散的HashSet转换为了紧凑的BitSet，把序列化方式注释掉之后，任务可以正常执行。难道Spark的Kryo序列化做的还不到位？此问题需要进一步跟踪。
9 Executor僵死问题 运行一个Spark任务，发现其运行速度远远慢于执行同样SQL语句的Hive的执行，甚至出现了OOM的错误，最后卡住达几小时！并且Executor进程在疯狂GC。
截取其一Task的OOM异常信息：

可以看到这是在序列化过程中发生的OOM。根据节点信息，找到对应的Executor进程，观察其Jstack信息：
Thread 36169: (state = BLOCKED)

• java.lang.Long.valueOf(long) @bci=27, line=557 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.DefaultSerializers$LongSerializer.read(com.esotericsoftware.kryo.Kryo, com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class) @bci=5, line=113 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.DefaultSerializers$LongSerializer.read(com.esotericsoftware.kryo.Kryo, com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class) @bci=4, line=103 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.Kryo.readClassAndObject(com.esotericsoftware.kryo.io.Input) @bci=158, line=732 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.DefaultArraySerializers$ObjectArraySerializer.read(com.esotericsoftware.kryo.Kryo, com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class) @bci=158, line=338 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.DefaultArraySerializers$ObjectArraySerializer.read(com.esotericsoftware.kryo.Kryo, com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class) @bci=4, line=293 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.Kryo.readObject(com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class, com.esotericsoftware.kryo.Serializer) @bci=136, line=651 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.FieldSerializer$ObjectField.read(com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Object) @bci=143, line=605 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.FieldSerializer.read(com.esotericsoftware.kryo.Kryo, com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class) @bci=44, line=221 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.Kryo.readObject(com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class, com.esotericsoftware.kryo.Serializer) @bci=136, line=651 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.FieldSerializer$ObjectField.read(com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Object) @bci=143, line=605 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.serializers.FieldSerializer.read(com.esotericsoftware.kryo.Kryo, com.esotericsoftware.kryo.io.Input, java.lang.Class) @bci=44, line=221 (Compiled frame)
• com.esotericsoftware.kryo.Kryo.readClassAndObject(com.esotericsoftware.kryo.io.Input) @bci=158, line=732 (Compiled frame)
• org.apache.spark.serializer.KryoDeserializationStream.readObject(scala.reflect.ClassTag) @bci=8, line=118 (Compiled frame)
• org.apache.spark.serializer.DeserializationStream$anon$1.getNext() @bci=10, line=125 (Compiled frame)
• org.apache.spark.util.NextIterator.hasNext() @bci=16, line=71 (Compiled frame)
• org.apache.spark.storage.BlockManager$LazyProxyIterator$1.hasNext() @bci=4, line=1031 (Compiled frame)
• scala.collection.Iterator$anon$13.hasNext() @bci=4, line=371 (Compiled frame)
• org.apache.spark.util.CompletionIterator.hasNext() @bci=4, line=30 (Compiled frame)
• org.apache.spark.InterruptibleIterator.hasNext() @bci=22, line=39 (Compiled frame)
• scala.collection.Iterator$anon$11.hasNext() @bci=4, line=327 (Compiled frame)
• org.apache.spark.sql.execution.HashJoin$anonfun$execute$1.apply(scala.collection.Iterator, scala.collection.Iterator) @bci=14, line=77 (Compiled frame)
• org.apache.spark.sql.execution.HashJoin$anonfun$execute$1.apply(java.lang.Object, java.lang.Object) @bci=9, line=71 (Interpreted frame)
• org.apache.spark.rdd.ZippedPartitionsRDD2.compute(org.apache.spark.Partition, org.apache.spark.TaskContext) @bci=48, line=87 (Interpreted frame)
• org.apache.spark.rdd.RDD.computeOrReadCheckpoint(org.apache.spark.Partition, org.apache.spark.TaskContext) @bci=26, line=262 (Interpreted frame)

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有大量的BLOCKED线程，继续观察GC信息，发现大量的FULL GC。
分析，在插入Hive表的时候，实际上需要写HDFS，在此过程的HashJoin时，伴随着大量的Shuffle写操作，JVM的新生代不断GC，Eden Space写满了就往Survivor Space写，同时超过一定大小的数据会直接写到老生代，当新生代写满了之后，也会把老的数据搞到老生代，如果老生代空间不足了，就触发FULL GC，还是空间不够，那就OOM错误了，此时线程被Blocked，导致整个Executor处理数据的进程被卡住。
当处理大数据的时候，如果JVM配置不当就容易引起上述问题。解决的方法就是增大Executor的使用内存，合理配置新生代和老生代的大小，可以将老生代的空间适当的调大点
引用：http://www.cnblogs.com/Scott007/p/3889959.html