kubernetes + docker进行机器学习训练共享内存shm的解决思路

关键词:kubernetes docker 共享内存 机器学习 shm

很多机器学习框架需要使用shm进行多进程并发训练的通讯。
这就意味着需要一个很大的shm设置。
docker本身是可以设置shm的大小的。

docker run --rm -it --shm-size 1G ubuntu:20.04

然而,kubernetes为了通用性考虑,并没有提供这个参数的设置能力。

思路一:通过volume挂载的方式

即在宿主机的/dev/shm中创建一个目录,并挂载到pod中container的/dev/shm中。
这样就可以得到一个和宿主机一样大的共享内存了。

操作如下:

  • 创建目录,并赋权777
$ sudo mkdir /dev/shm/0460ea97-de1c-42b4-8cd5-783cfb0768f2
$ sudo chmod 777 /dev/shm/0460ea97-de1c-42b4-8cd5-783cfb0768f2 -R
  • 在kubernetes的配置中,添加响应的目录挂载;将创建好的目录/dev/shm/0460ea97-de1c-42b4-8cd5-783cfb0768f2挂载到container的/dev/shm上。
$ cat pod.yml
apiVersion: v1
kind: Pod
metadata:
  name: pod02
  labels:
    app: pod02
spec:
  securityContext:
    fsGroup: 0
  containers:
  - name: pod02
    image: ubuntu:20.04
    args:
    - until [ -f /run/ready ]; do echo waiting for setup; sleep 5; done
    command:
    - sh
    - -c
    ports:
    - containerPort: 8888
      name: pod02
    volumeMounts:
    - name: shm-volume
      mountPath: /dev/shm
  nodeSelector:
    nuwa.storage.nid: s002
  volumes:
  - name: shm-volume
    hostPath:
      path: /dev/shm/0460ea97-de1c-42b4-8cd5-783cfb0768f2
  • 创建kubernetes对象
$ kubectl apply -f pod.yml
pod/pod02 created
  • 进入容器,查看共享内存的大小。
$ kubectl exec -it pod02 -- bash
root@pod02:/# free -h
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           31Gi       7.7Gi       479Mi        39Mi        23Gi        23Gi
Swap:            0B          0B          0B
root@pod02:/# df -h
Filesystem                         Size  Used Avail Use% Mounted on
overlay                            227G  147G   70G  68% /
tmpfs                               64M     0   64M   0% /dev
tmpfs                               16G     0   16G   0% /sys/fs/cgroup
tmpfs                               16G     0   16G   0% /dev/shm
/dev/mapper/ubuntu--vg-ubuntu--lv  227G  147G   70G  68% /etc/hosts
tmpfs                               32G   12K   32G   1% /run/secrets/kubernetes.io/serviceaccount
tmpfs                               16G     0   16G   0% /proc/acpi
tmpfs                               16G     0   16G   0% /proc/scsi
tmpfs                               16G     0   16G   0% /sys/firmware
root@pod02:/# exit
exit
$

思路二:修改docker的daemon.json

docker可以给定一个default-shm-size作为全局的配置,用于所有的container创建。
所以,可以通过这个功能,将全局的共享内存大小改变,这样就可以保证,所有的docker容器都使用足够大的共享内存了。

  • 注意: 只有在配置修改后创建的container才会应用这个参数,即使重启。已经创建的container需要自行修改配置文件。

操作如下:

  • 修改/etc/docker/daemon.json,添加default-shm-size
$ cat /etc/docker/daemon.json
{
"registry-mirrors": ["https://xxxxxxxxx.mirror.aliyuncs.com"],
"dns" : [ "8.8.8.8", "8.8.4.4" ],
"exec-opts": ["native.cgroupdriver=systemd"],
"default-shm-size": "1G"
}
$ 
  • 停止docker服务,重新加载配置,并启动docker服务
$ systemctl stop docker
$ systemctl daemon-reload
$ systemctl start docker
  • 新创建容器并查看
$ docker run --rm -it ubuntu:20.04
root@7470a576ae61:/# df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
overlay         3.6T  1.9T  1.6T  54% /
tmpfs            64M     0   64M   0% /dev
tmpfs            32G     0   32G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/sdc1       3.6T  1.9T  1.6T  54% /etc/hosts
shm              1G       0   1G     0% /dev/shm
tmpfs            32G     0   32G   0% /proc/scsi
tmpfs            32G     0   32G   0% /sys/firmware
root@7470a576ae61:/# exit
exit
$

两种方案的异同

虽然两种方案都可以达到目的,但还是存在一定的差异的。

  • 思路一
    • 优点:

      可以灵活控制,可以让需要共享内存的container挂载共享内存。对共享内存没有特殊需求的container,不进行挂载即可。

    • 缺点:

      大小不可控制,直接与宿主机共享大小,如果耍流氓式的使用,会导致宿主机故障。
      内容在宿主机上可见。
      容器销毁后,文件依旧占用,需要自行清理。

  • 思路二
    • 优点:

      可以控制大小
      内容在宿主机上不可见
      容器销毁后,文件自动销毁,无需关心

    • 缺点:

      所有的容器都会分配shm,无论是否需要。

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