“SnapGene是模拟质粒构建的利器。”
SnapGene是一款功能强大的多功能的分子生物学工具,能够非常直观的注释分析和DNA图谱,用于创建和共享丰富的注释文件,帮助我们准确清晰地为分子生物学绘制相关图形。前面讲的质粒元件中很多插图都是来自Addgene官网(http://www.addgene.org/)和SnapGene软件(https://www.snapgene.com/)。
01
—
软件安装
SnapGene分为SnapGene和SnapGene Viewer两个版本。SnapGene是付费版本,但是可以申请三十天免费试用版(申请网址: https://www.snapgene.com/try-snapgene/,只需要填入邮箱,网站会给一个code和编号,下载好软件后输入即可),SnapGene Viewer是免费版本(https://www.snapgene.com/snapgene-viewer/)。
左边为全功能的SnapGene,右边为免费的SnapGene Viewer。
上面两幅对比图看出,SnapGene和SnapGene Viewer进入的主界面上是一样的,区别在于SnapGene要比Viewer多不少可用功能,也就是Viewer上有SnapGene图标标示的都是需要付费版才能用的,此外SnapGene现在也有中文版了。
两个版本最大的区别就在于行动和工具两个工具栏中,SnapGene多了很多PCR模拟,BLAST还有琼脂糖凝胶模拟等功能,但是基础的质粒图谱查看SnapGene Viewer还是能够满足的。
02
—
主界面介绍
现在用免费版SnapGene Viewer,pUC19质粒图谱为模板介绍一下软件的主界面。
上图中主界面主要分为上方的工具栏和快捷工具栏,左侧一列功能,下方的界面切换三部分,描述面板是可以勾选不显示。
水平图谱查看界面
序列界面与图谱界面类似,不同的是左侧的功能栏。多出了显示小图谱,氨基酸设置和压缩格式等。只是在显示中与区别,可以自行去点一下,看看每一项有什么区别。
酶界面,基本就是酶和酶组选择的各种信息,方便查看和使用。
特征界面是质粒的每个元件详细情况,双击特征能显示出特征的开始结束碱基序列,简单描述,表达产物,转录方向和复制方向等等一系列的特征。有助于帮助更好地了解你所需的质粒。
引物界面显示图谱中通用的引物,可以用来测序,检测插入片段是否正确。
历史界面能够显示对质粒处理的过程,制成流程图,方便你去查看,例如上面切除lacz特征片段后,历史界面会做出相应的改变,同时还有文字描述的流程。
上面简单介绍了SnapGene软件安装和界面介绍,希望能够帮助你对于这款软件有个大体的认识,方便后面的操作,后续将重点介绍一下工具栏的功能,也是这款软件比较核心且有趣的地方。