系统发育树
- 系统发育树是表明被认为具有共同祖先的各物种/材料之间的演化关系树形图，用来描述物种（或材料、序列等）之间的分类和演化关系，是反映群体结构最经典、直观、有效的方法；
- 构建方法有NJ法、ML法和贝叶斯法，GWAS材料间差异不是非常大，一般选择NJ法；
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常用软件：MEGA、PAUP、Phylip、CIPRES平台等。
Wang et al., 2017, Nature Genetics
1. vcf文件格式转换
下载 vcf2phylip.py脚本
$ wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/v2.0.zip
$ unzip v2.0.zip
$ cd your/path/vcf2phylip-2.0
利用上述脚本，将vcf文件转化为phylip软件需要的格式：
$ python2 vcf2phylip.py -i genotype.vcf -o genotype.phylip
生成文件genotype.min4.phy。
2.MEGA
MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis，分子进化遗传分析），可用于序列比对、进化树构建、估计分子进化速度、验证进化假说等用途。
官方网址：https://www.megasoftware.net/
2.1下载
这里以最新的Windows MEGA11为例：
2.2 格式转化
将上一步转换得到的genotype.min4.phy文件在MEGA中转换为MEGA所需要的格式，file-convert file format to MEGA：
弹窗提醒，仔细检查.phy文件：
报错，.phy文件有错误：
检查.phy文件，发现最后一个样本的基因型格式有错误，这里建议大家如果看到报错，检查一下.phy文件的格式：
调整后，格式转换成功，保存为.meg格式：
2.3 构建NJ进化树
PHYLOGENY——construct test NJ
导入.meg文件：
保存导出，file-export current tree，生成文件.nwk：
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