- 1 生成sam文件
bwa，bowie2，tophat2等。输入数据为fasta格式，作为比对参考序列；fastq格式的测序数据，也就是将测序数据比对回参考序列上。
samtools
- 2 文件验证
samtools quickcheck
- 3 sam和bam格式转换
samtools view
- 4 bam排序
默认的输出文件中，是按照比对的reads顺序进行排序的，而分析需要按照染色体坐标位置排序，所以，每一次都需要对bam进行排序，如果不排序，后续的操作都无法进行，还是同样的原理，边比对边排序消耗资源太大，所以，是在比对后进行排序。现在的samtools工具可以排序与转换同步进行。一般排序后的文件都加上扩展名sorted，表示经过排序了。
samtools sort
5 建立索引
处理大文件都需要一个索引，索引的作用是可以快速定位到文件的任意位置，因此，建立索引，也是bam文件的重要功能，而建立索引，必须是排序后的bam文件。所以，拿到一个比对好的sam之后，基本处理就是排序，格式转换，建立索引。
samtools index6 统计
samtools stats
- 7 reads比对情况
samtools flags
samtools flagstat
8 idxstats
单独计算每一条染色体的比对情况，9 统计目标区域
则可以给定一个目标区域bed格式文件，使用bedcov进行统计。10 depth统计
计算测序深度depth，samtools depth11 统计bam并绘图
samtools stats
plot-bamstats12 过滤数据
将没有或成功比对上的reads输出
samtools view功。-f与-F选项
13 输出比对fq或fa
samtools fastq可以直接输出fastq格式，、数据可以直接进行拼接，samtools fasta直接输出fasta，可以直接进行blastn比对。14 tview
查看每个位点的细节15 tablet 可视化
tablet可以可视化bam文件16 MarkDuplication
Dupliacation reads会对变异检测造成干扰，得到一些假阳性的结果，因此，需要将这些reads去除掉。可以在比对之后进行标记。这一步骤只是在每一行比对结尾出添加一些CIGAR标志，并不过滤数据。samtools可以标记Duplication，也可以去除掉reads，GATK也可以进行标记。17 利用bcftools/freebayes/GATK进行SNP检测
可以使用bcftools直接来筛选SNP，输入排序并建立索引的bam即可，如果能做Mark Duplication则更好了。18 利用delly/lumpy/进行SV检测
19 利用IGV可视化数据
IGV工具可以可视化bam格式，fasta格式，vcf格式，bed格式
