conda 安装R环境,主要命令如下:
- conda 创建R环境
conda create -n r4
2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行
source activate r4
3.安装所需要的包
conda install r-base=4.0.3
4.关闭此环境
source deactivate
安装完R环境后,export 相应的path,如下
cd /Anaconda3/envs/r4/bin
export PATH="$PATH:/Anaconda3/envs/r4/bin"
安装相关的包,例如ballgown:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ballgown")
注意,如果不export 相应的path,R安装包时很容易找不到相应的程序,如:
/bin/sh: x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++: command not found