Windows上装clusterProfiler报错

> sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936 
[2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936
[4] LC_NUMERIC=C                                                   
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936    

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils    
[7] datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] AnnotationDbi_1.38.2 Biobase_2.36.2       AnnotationHub_2.8.3 
 [4] BiocInstaller_1.26.1 IRanges_2.10.5       S4Vectors_0.14.7    
 [7] BiocGenerics_0.22.1  edgeR_3.18.1         limma_3.32.10       
[10] reshape2_1.4.2      

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.13                  compiler_3.4.2               
 [3] plyr_1.8.4                    bitops_1.0-6                 
 [5] tools_3.4.2                   digest_0.6.12                
 [7] bit_1.1-12                    RSQLite_2.0                  
 [9] memoise_1.1.0                 tibble_1.3.4                 
[11] lattice_0.20-35               pkgconfig_2.0.1              
[13] rlang_0.1.4                   shiny_1.0.5                  
[15] DBI_0.7                       curl_3.0                     
[17] yaml_2.1.14                   stringr_1.2.0                
[19] httr_1.3.1                    locfit_1.5-9.1               
[21] bit64_0.9-7                   grid_3.4.2                   
[23] R6_2.2.2                      blob_1.1.0                   
[25] magrittr_1.5                  htmltools_0.3.6              
[27] mime_0.5                      interactiveDisplayBase_1.14.0
[29] xtable_1.8-2                  httpuv_1.3.5                 
[31] stringi_1.1.5                 RCurl_1.95-4.8               

> library(clusterProfiler)
载入需要的程辑包:DOSE
Error: package or namespace load failed for ‘DOSE’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 不存在叫‘DO.db’这个名字的程辑包
Error: 无法载入程辑包‘DOSE’


> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.5 (BiocInstaller 1.26.1), ?biocLite for help
A newer version of Bioconductor is available for this version of R,
  ?BiocUpgrade for help

> biocLite("DO.db")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.5 (BiocInstaller 1.26.1), R 3.4.2
  (2017-09-28).
Installing package(s) ‘DO.db’
installing the source package ‘DO.db’

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.5/data/annotation/src/contrib/DO.db_2.9.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1769978 bytes (1.7 MB)
downloaded 1.7 MB

'C:\Program' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
或批处理文件。

The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\admin\AppData\Local\Temp\Rtmpec1Goe\downloaded_packages’
Old packages: 'openssl'
Update all/some/none? [a/s/n]: 
a

  There is a binary version available but the source version is later:
        binary source needs_compilation
openssl  0.9.8  0.9.9              TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package ‘openssl’

trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/openssl_0.9.9.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 1112927 bytes (1.1 MB)
downloaded 1.1 MB

'C:\Program' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
或批处理文件。

The downloaded source packages are in
    ‘C:\Users\admin\AppData\Local\Temp\Rtmpec1Goe\downloaded_packages’
Warning messages:
1: running command '"C:/Program Files/R/R-3.4.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.4.2\library" C:\Users\admin\AppData\Local\Temp\Rtmpec1Goe/downloaded_packages/DO.db_2.9.tar.gz' had status 1 
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘DO.db’ had non-zero exit status
3: running command '"C:/Program Files/R/R-3.4.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.4.2\library" C:\Users\admin\AppData\Local\Temp\Rtmpec1Goe/downloaded_packages/openssl_0.9.9.tar.gz' had status 1 
4: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status

> install.packages("C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/Rtmpec1Goe/downloaded_packages/DO.db_2.9.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
'C:\Program' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序
或批处理文件。
Warning in install.packages :
  running command '"C:/Program Files/R/R-3.4.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.4.2\library" "C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/Rtmpec1Goe/downloaded_packages/DO.db_2.9.tar.gz"' had status 1
Warning in install.packages :
  installation of package ‘C:/Users/admin/AppData/Local/Temp/Rtmpec1Goe/downloaded_packages/DO.db_2.9.tar.gz’ had non-zero exit status
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,098评论 5 476
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,213评论 2 380
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 149,960评论 0 336
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,519评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,512评论 5 364
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,533评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,914评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,574评论 0 256
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,804评论 1 296
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,563评论 2 319
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,644评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,350评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,933评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,908评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,146评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,847评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,361评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容