染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation, ChIP 技术是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA的片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
该技术通过蛋白质与DNA互作来分析目标基因活性以及已知蛋白质的靶基因，被广泛应用于体内转录调控因子与靶基 因启动子上特异核苷酸序列结合方面的研究。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
chip-seq 的原理：将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。其原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA的片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA的片段段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
ATAC-seq:（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法， 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
开放染色质的研究方法有ATAC-seq以及传统的DNase-Seq及FAIRE-seq等，ATAC-Seq由于所需细胞量少，实验简单，可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态，目前已经成为研究染色质开放性的重要技术方法。
chip-seq 和ATAC-seq 的异同：
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子，用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子；但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么，根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA，验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用。ATAC-Seq、ChIP-Seq、Dnase-Seq、MNase-Seq、FAIRE-Seq整体的分析思路一致，找到富集区域，对富集区域进行功能分析。
DAP-seq(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量筛选TF结合位点的方法，用体外表达的TFs结合基因组DNA。 DAP-seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合，不需要针对每个转录因子制备特异性抗体，所以DAP-seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势。
DAP-seq是研究非模式植物顺反组和表观组的有力技术，大大扩展和加深了科学家们研究的转录因子结合位点信息。它能够捕获全部转录结合位点，因此能获得完整的密码本。
DAP-seq 与 CHIP-seq 的异同：CHIP-seq如上所述，是一种常见的用来发现转录因子结合位点的方法，但是，它有很强的局限性，例如：它很强地依赖于抗体的质量， 并且对发现低表达的蛋白有挑战。虽然ATAC-seq 可以更简单地来注释跨越许多生物体和细胞类型的全基因组调控元素。但是如果没有对TFs序列特异性的全面了解，所识别区域的靶向TFs就无法被轻易地验证。DAP-seq 可以用来揭示基因组范围内所有调控元件的特征。
