软件安装很复杂
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查看服务器是多少位的:输入命令 uname -a
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wget命令复制粘贴,windows系统输入wget后,鼠标点击右键-粘贴,后面会出现你要粘贴的链接,回车直接下载。在这里我复制的是miniconda清华软件的下载链接,因为我们现在是在linux系统上操作,所以用的版本是linux,而不是windows或其他的。如何粘贴:系统直接设置将选定的文本复制到粘贴板,所以选定一段文字之后,直接进行粘贴命令
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安装软件命令。sh-脚本文件后缀,安装失败后,不需要重新下载,直接从安装步骤重新开始。
dash 软件脚本,点击enter/输入yes...直到看到下图表示安装成功
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激活软件。只需要输入source ~/.bashrc,后面不添加文件名
添加镜像(主网站的副本,加快下载速度)。
添加代码:
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes-
搜索服务器里软件列表。注:返回主目录再输入
实操:安装好conda软件之后,下载fastqc软件
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conda中搜索软件。conda search 软件(fastqc:数据质控软件)
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安装该软件。conda install fastqc -y( -y是yes,表示安装过程中的问题都回答yes)
卸载软件 conda remove fastqc -y
生信操作实例:
注:主目录操作
- 查看当前conda有哪些环境:conda info --envs
- 处理转录组数据
- 建立名叫rnaseq的conda环境:conda create -n rna-seq python=3 - fastqc trimmomatic -y(下载fastqc、trimmomatic两个软件)
- 再次查看conda环境:conda info --envs ,多了一个rna-seq
- 激活新的conda环境:conda activate rna-seq
- 退出当前环境:conda deactivate